Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgaagtctcaattttaatttatcaatcatgaattattcttgcatgctcgtaacagctgatgctttggtttatcttaacacatcttgatgtttgtaacagCTGATGCTTTGGTTACCACTGGCCTCTCTAAGCTTGGCTACAACTATGTTAACATCG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G08380.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86044318|gb|DR340073.1|DR340073
EST:     CTGGAACCATTTTAGCTGCAACATAGATGAAAAAATGATCAAAGAAACTG                         CTGATGCTTTGGTTACCACTGGCCTCTCTAAGCTTGGCTACAACTATGTTA
genomic: CTGGAACCATTTTAGCTGCAACATAGATGAAAAAATGATCAAAGAAACTGgtgaagtctc ... tttgtaacagCTGATGCTTTGGTTACCACTGGCCTCTCTAAGCTTGGCTACAACTATGTTA
EST: gi|86044315|gb|DR340070.1|DR340070
EST:     CTGGAACCATTTTAGCTGCAACATAGATGAAAAAATGATCAAAGAAACTG                         CTGATGCTTTGGTTACCACTGGCCTCTCTAAGCTTGGCTACAACTATGTTA
genomic: CTGGAACCATTTTAGCTGCAACATAGATGAAAAAATGATCAAAGAAACTGgtgaagtctc ... tttgtaacagCTGATGCTTTGGTTACCACTGGCCTCTCTAAGCTTGGCTACAACTATGTTA
EST: gi|86044317|gb|DR340072.1|DR340072
EST:     CTGGAACCATTTTAGCTGCAACATAGATGAAAAAATGATCAAAGAAACTG                         CTGATGCTTTGGTTACCACTGGCCTCTCTAAGCTTGGCTACAACTATGTTA
genomic: CTGGAACCATTTTAGCTGCAACATAGATGAAAAAATGATCAAAGAAACTGgtgaagtctc ... tttgtaacagCTGATGCTTTGGTTACCACTGGCCTCTCTAAGCTTGGCTACAACTATGTTA
EST: gi|86044314|gb|DR340069.1|DR340069
EST:     CTGGAACCATTTTAGCTGCAACATAGATGAAAAAATGATCAAAGAAACTG                         CTGATGCTTTGGTTACCACTGGCCTCTCTAAGCTTGGCTACAACTATGTTA
genomic: CTGGAACCATTTTAGCTGCAACATAGATGAAAAAATGATCAAAGAAACTGgtgaagtctc ... tttgtaacagCTGATGCTTTGGTTACCACTGGCCTCTCTAAGCTTGGCTACAACTATGTTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gctcgtaacagctgatgctttggtttatcttaacacatcttgatgtttgtaacagCTGATGCTTTGGTTACCACTGGCCTCTCTAAGCTTGGCTACAACTATGTTAACATCG
                       tttatcttaa  TA-rich tract