Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaagctatgaatatactctgttttagctatcagttggtagaacgaatcagttttgtgatgatcatgtttgtattgaatcgcagCAATCGCCGAGCTACTTGACAATGCGGTTGATGAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G36290.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86069498|gb|DR365255.1|DR365255
EST:     TCCAAAGTTTCTTCACTCGAATGCTACTTCACATAAATGGGCTTTTGNAG                         CAATCGCCGAGCTACTTGACAATGCGGGTGATGAG
genomic: TCCAAAGTTTCTTCACTCGAATGCTACTTCACATAAATGGGCTTTTGGAGgtaaagctat ... tgaatcgcagCAATCGCCGAGCTACTTGACAATGCGGTTGATGAG
EST: gi|86069500|gb|DR365257.1|DR365257
EST:     TCCAAAGTTTCTTCACTCGAATGCTACTTCACATAAATGGGCTTTTGGAG                         CAATCGCCGAGCTACTTGAC
genomic: TCCAAAGTTTCTTCACTCGAATGCTACTTCACATAAATGGGCTTTTGGAGgtaaagctat ... tgaatcgcagCAATCGCCGAGCTACTTGAC
EST: gi|86069501|gb|DR365258.1|DR365258
EST:     TCCAAAGTTTCTTCACTCGAATGATACTTCACATAAATGGGCTTTTGGAG                         CAATCGCCGAGCTACTTGACAATGCGGTTGATGAG
genomic: TCCAAAGTTTCTTCACTCGAATGCTACTTCACATAAATGGGCTTTTGGAGgtaaagctat ... tgaatcgcagCAATCGCCGAGCTACTTGACAATGCGGTTGATGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcagttggtagaacgaatcagttttgtgatgatcatgtttgtattgaatcgcagCAATCGCCGAGCTACTTGACAATGCGGTTGATGAG
                                      tttgtatt  TA-rich tract