Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtctctcgtcctcctgctactgatacgctttgaggtattatggaagatatgtaacattggtgtttgacttacccttttgcgattctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTATTTTCGCAGAAGCGCTTGCTCTTTACGGGCTTATTGTAGGAATCATTCTT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G34720.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT4G34720.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os11g06890.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
----gtttgtctctcgtcctcctgctactgatacgctttgaggtattatggaagatatgtaacattggtgtttgacttacccttttgcgattcttttt--cagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTATTTTCGCAGAAGCGCTTGCTCTTTACGGGCTTATTGTAGGAATCATTCTT
    | |  ||     | | | |  |  ||| | ||||   | || |    ||| |   || | ||||  |   | |      | |    ||  | ||  |||||||||||| ||||| || ||||| || || || ||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || || || || ||||| || ||||| || 
cctcggtgttcatgactaccctttgtgttgaga-gcttgaggctactcct-aagctgccta-ctttggattacaattctgatatctcttgttggtgttggcagGGCAAATGCACAGCAACCAAAGCTTTTCGTGGGCATGATCCTCATCCTCATTTTCGCAGAAGCGCTTGCCCTGTATGGTCTCATTGTGGGCATCATCCTC

upper sequence: AT4G34720.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os02g34510.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
-gtttgtctctcgtcctcctgctactgatacgctttg-aggtattatggaagatatgtaaca-ttggtgt-ttgacttacccttttgcgattct-ttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTATTTTCGCAGAAGCGCTTGCTCTTTACGGGCTTATTGTAGGAATCATTCTT
  ||  |  | | |  | | |||  ||||  |      ||| ||| ||     ||||      ||||||   ||   || | |  |    || |  | |||||||||||||||| ||||| || || ||||| || ||||| || |||||||| || || ||||||||||| || || || || ||||| || |||||  | 
atttcatgacactttgtgcagct--tgattggaaccacaggaattttgatttttatgctttgcttggtgcgctgttctaacataatctacttttgctctcagGGCAAATGCTCAACAGCCAAAACTGTTTGTGGGTATGATCCTCATCCTTATCTTTGCGGAAGCGCTTGCACTCTATGGTCTCATTGTTGGTATCATCTTG

upper sequence: AT4G34720.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G177005_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
---gtttgtctctcgtcctcctgctactgatacg-ctttgaggtattatggaagatatgtaacattggtgtttgacttacccttttgcgattctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTATTTTCGCAGAAGCGCTTGCTCTTTACGGGCTTATTGTAGGAATCATTCTT
      |  |   |  | | || ||   | | |  |||| |   |  | | | |  |  | | |||   |||||||| |   ||  || |  |  ||||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| || || || ||||| ||||| || |||
agtagctcacatgcaactttctcctggcgtttcttcttttacagaggaggcatgggaattgaaattttagtttgactaatttttgggccac-cgatttcagGGCAAATGCGCAACAGCCAAAGCTTTTCGTTGGCATGATCCTCATCCTCATTTTCGCAGAAGCGCTTGCTCTCTATGGTCTAATTGTTGGAATTATCCTT

upper sequence: AT4G34720.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: AC216067.3_FGT002 (Zea mays), 3'ss of exon 2
------gtttgtctctcgtcctcctgctactgat-acgctttgaggtattatggaagatatgtaacattggtgtttgacttacccttttgcgattctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTATTTTCGCAGAAGCGCTTGCTCTTTACGGGCTTATTGTAGGAATCATTCTT
        ||   |   |   | || ||  | |  | ||  |      ||||    ||  || ||  ||     ||||||||   | | |        ||||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| || |||
taatctcctttctttgagcgtttcttcttttaaggaggcagtacatgcttatttgggaattgaaatttta----ttgacttattttctgggccactgatttcagGGCGAATGCACAACAGCCGAAGCTTTTTGTGGGCATGATCCTCATCCTCATTTTCGCAGAAGCGCTTGCTCTGTACGGTCTCATTGTTGGAATTATCCTT

upper sequence: AT4G34720.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM5G893252_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
--gtttgt-ctctcgtcctcctgctactgatacgctttgaggtattatggaagatatgtaacat-tggtgtttgacttacccttttgcgattctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTATTTTCGCAGAAGCGCTTGCTCTTTACGGGCTTATTGTAGGAATCATTCTT
    || | |   |    |  |||  || | ||         |||   |   | | |  ||||| |  |  ||  || |  ||  |     || | | |||||| ||||| |||||||| ||| | ||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || || || || |||||||| 
tctcttatacagccaaatttttgcaccttaaacctcaaattatatccagcccgttgt-caacatgtcattcttatctaattctgatttatgtcgtctccagGGCGAATGCACAGCAGCCAAAGTTGTTTGTGGGCATGATTCTGATCCTTATCTTCGCAGAAGCTCTTGCTCTGTACGGTCTCATCGTCGGTATCATTCTC

upper sequence: AT4G34720.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G101020_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
-------gtttgtctctcgtcctcctgctac-tgatacgctttgaggtat-tatggaagatatgtaacattggtgtttgacttacccttttgcgattctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTATTTTCGCAGAAGCGCTTGCTCTTTACGGGCTTATTGTAGGAATCATTCTT
         ||||| || || |      ||  | ||   ||   |  | | ||    |||   | |||||   | |  | | || |  ||      | || | |||||| || ||||||||||| ||| | |||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||| ||||| || || || || || || || || || || 
ttcaaagagttgtc-ctagttcgaaaattatattatcaactggaacctgtctactctagac-cgcaacatc--tctccgtcctaacacttgtt--cttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTATTTTTGCTGAAGCACTTGCCCTCTATGGTCTCATCGTCGGCATTATCCTC

upper sequence: AT4G34720.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G028432_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
--gtttgtctctcgtcctcctgctactgatacgctttgaggtattatggaagatatgta-acattggtgtttgacttacccttttgcgattcttttt---cagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTATTTTCGCAGAAGCGCTTGCTCTTTACGGGCTTATTGTAGGAATCATTCTT
   ||   | || ||||| ||       || ||  |||    |    |   | |   || ||   |   | |  || | |||    |   |  ||||   |||||| || ||||||||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||| || ||||| |||||||| || || ||||| || || || || ||||| || 
cacttaaacacttgtcctacttgggaaaat-cggattgtca-accgggctggctgcctagacggcgacatctc-ctcatcctgacacttgttcttttgcgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCAAAGCTGTTTGTGGGCATGATCCTCATCCTCATCTTCGCTGAAGCGCTCGCCCTATACGGTCTCATCGTCGGCATCATCCTC

upper sequence: AT4G34720.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: PP1S45_100V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
--------------------------------------------------------------------------------------------------------gtttgtctctcgtcctcctgctactga-tacgctttgaggtattatggaagatatgtaacattggtgtttgacttacccttttgcgattctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTATTTTCGCAGAAGCGCTTGCTCTTTACGGGCTTATTGTAGGAATCATTCTT
                                                                                                        | | | |    |   |   | | | || |  | | || |    | |||    | |||     ||||  || || |      | ||   || ||| |||||| |||||||||||||| ||||| || || |||||||| || ||||| |||||||| || ||||||||  | || || || || || || || ||  | 
gtagcggacgaacccttgcaatgtggtgatgtatgggaatacgtagtgaagttggaaagagagatgtaatcgggattgaaatggattcgcagagggttcacggtgatggacatgaggtttgaggatgcagagtgagttatgggagggtttggtgtgt-tgtggatgtggttgttaacgtggaggatggca--tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATTTTCGCTGAGGCGCTTGCCTTGTATGGACTGATCGTCGGCATTATCTTG

upper sequence: AT4G34720.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: PP1S45_97V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
--------------------------------------------------------------------------------------------------------gtttgtctctcgtcctcctgctactga-tacgctttgaggtattatggaagatatgtaacattggtgtttgacttacccttttgcgattctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTATTTTCGCAGAAGCGCTTGCTCTTTACGGGCTTATTGTAGGAATCATTCTT
                                                                                                        | | | |    |   |   | | | || |  | | || |    | |||    | |||     ||||  || || |      | ||   || ||| |||||| |||||||||||||| ||||| || || |||||||| || ||||| |||||||| || ||||||||  | || || || || || || || ||  | 
gtagcggacgaacccttgcaatgtggtgatgtatgggaatacgtagtgaagttggaaagagagatgtaatcgggattgaaatggattcgcagagggttcacggtgatggacatgaggtttgaggatgcagagtgagttgtgggagggtttggtgtgt-tgtggatgtggttgttaacgtggaggatggca--tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATTTTCGCTGAGGCGCTTGCCTTGTATGGACTGATCGTCGGCATTATCTTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125272000|gb|EL286085.1|EL286085
EST:     GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTC
genomic: GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTC
EST: gi|86023887|gb|DR319640.1|DR319640
EST:     GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
genomic: GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
EST: gi|124944142|gb|EL020275.1|EL020275
EST:     CTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGG
genomic: CTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGG
EST: gi|86023909|gb|DR319662.1|DR319662
EST:     GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTC
genomic: GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTC
EST: gi|86023910|gb|DR319663.1|DR319663
EST:     GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
genomic: GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
EST: gi|86023899|gb|DR319652.1|DR319652
EST:     GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCAWTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
genomic: GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
EST: gi|86023914|gb|DR319667.1|DR319667
EST:     GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATG
genomic: GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATG
EST: gi|86078118|gb|DR373875.1|DR373875
EST:     GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
genomic: GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
EST: gi|86023915|gb|DR319668.1|DR319668
EST:     GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTC
genomic: GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTC
EST: gi|116452298|gb|EG494890.1|EG494890
EST:     GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
genomic: GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
EST: gi|86023883|gb|DR319636.1|DR319636
EST:     GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGAT
genomic: GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGAT
EST: gi|125286160|gb|EL300245.1|EL300245
EST:     GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGA
genomic: GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGA
EST: gi|86023884|gb|DR319637.1|DR319637
EST:     GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAN                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTT
genomic: GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTT
EST: gi|164238074|gb|ES055962.1|ES055962
EST:     GGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTCGGGATGATTCTTATCCTTAT
genomic: GGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
EST: gi|86023912|gb|DR319665.1|DR319665
EST:     GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
genomic: GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
EST: gi|86023907|gb|DR319660.1|DR319660
EST:     GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCA
genomic: GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCA
EST: gi|47830959|gb|CK120643.1|CK120643
EST:     GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
genomic: GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
EST: gi|86023890|gb|DR319643.1|DR319643
EST:     GTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTSGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCA
genomic: GTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGT-GTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCA
EST: gi|125012023|gb|EL084292.1|EL084292
EST:     TCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGG
genomic: TCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGG
EST: gi|86023916|gb|DR319669.1|DR319669
EST:     GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
genomic: GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
EST: gi|125089377|gb|EL147767.1|EL147767
EST:     GGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
genomic: GGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
EST: gi|86023885|gb|DR319638.1|DR319638
EST:     GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGA
genomic: GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGA
EST: gi|86023892|gb|DR319645.1|DR319645
EST:     GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCT
genomic: G-TCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCT
EST: gi|86023918|gb|DR319671.1|DR319671
EST:     GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGA
genomic: GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGA
EST: gi|86023891|gb|DR319644.1|DR319644
EST:     GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTAT
genomic: GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTAT
EST: gi|125316313|gb|EL330398.1|EL330398
EST:     GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTT
genomic: GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTT
EST: gi|86023886|gb|DR319639.1|DR319639
EST:     GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGAT
genomic: GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGAT
EST: gi|86023893|gb|DR319646.1|DR319646
EST:     GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
genomic: GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
EST: gi|116380211|gb|EG422803.1|EG422803
EST:     GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
genomic: GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
EST: gi|86023906|gb|DR319659.1|DR319659
EST:     GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCC
genomic: GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCC
EST: gi|124769273|gb|EH859403.1|EH859403
EST:     CTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
genomic: CTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
EST: gi|124896365|gb|EH972579.1|EH972579
EST:     TTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
genomic: TTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
EST: gi|124796524|gb|EH886203.1|EH886203
EST:     GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAG
genomic: GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAG
EST: gi|47832243|gb|CK121927.1|CK121927
EST:     GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
genomic: GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
EST: gi|116452296|gb|EG494888.1|EG494888
EST:     GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTTTTATCCTTAT
genomic: GGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgtttgtctct ... tctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatggaagatatgtaacattggtgtttgacttacccttttgcgattctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTATTTTCGCAGAAGCGCTTGCTCTTTACGGGCTTATTGTAGGAATCATTCTT
                           gacttac  putative branch site (score: 2)
                                            ttctttttc  putative PPT
                                           attcttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttgtctctcgtcctcctgctactgatacgctttgaggtattatggaagatatgtaacattggtgtttgacttacccttttgcgattctttttcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTATTTTCGCAGAAGCGCTTGCTCTTTACGGGCTTATTGTAGGAATCATTCTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC