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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttagtttcatgtaatcgatgtaattttgcaattttccgcagccagatagttctgacgttcttttccttaacattctggaaaataatttgggttttgtagCAAGCTGCGCTTGTTCTTAATGCTTCTCGTCGATTTCGATATACGCTGGACTTAAAAAGGGAAGAAGATAAGAAACAGATGCTGAGGAAGATGAGAGCGC

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G29900.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT4G29900.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA17G06520.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
------tttagtttcatgtaatcgatgtaattttgcaattttccgcagccagatagttctgacgttcttttccttaacattctggaaaataatttgggttttgtagCAAGCTGCGCTTGTTCTTAATGCTTCTCGTCGATTTCGATATACGCTGGACTTAAAAAGGGAAGAAGATAAGAAACAGATGCTGAGGAAGATGAGAGCGC
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cgaatatttgactattttgacacattgtgcatttattttttttatttggtagacaat------gctttgttcaatgaccagaccaataattccttttgtgtttcagCAAGCCGCACTTGTGCTCAATGCTTCTCGTCGATTTCGTTACACCTTGGACTTAAAGAAAGAAGAAGAGAAGAAACGAGTATTAAGAATTGTTATAGTGC

upper sequence: AT4G29900.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv11s0052g00320.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
tttagtttcatgtaatcgatgtaattttgcaattttccgcagccagata-gttctgacgttcttttccttaacattctggaaaataatttgggttttgtagCAAGCTGCGCTTGTTCTTAATGCTTCTCGTCGATTTCGATATACGCTGGACTTAAAAAGGGAAGAAGATAAGAAACAGATGCTGAGGAAGATGAGAGCGC
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-gtggtctcattcatcccctccttgtgcactaataaacatgaacgcacaaggggaaaagtttttatcaatgcttggcctaactgagctttgtcttttatagCAAGCGGCACTTGTGCTAAATGCTTCTCGCCGATTTCGATACACATTGGACTTGAAAAAGGAAGAAGATAGGAAGCAGATAATAAGGAAGATTAGAGCAC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gatagttctgacgttcttttccttaacattctggaaaataatttgggttttgtagCAAGCTGCGCTTGTTCTTAATGCTTCTCGTCGATTTCGATATACGCTGGACTTAAAAAGGGAAGAAGATAAGAAACAGATGCTGAGGAAGATGAGAGCGC
                                  aaaataattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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tttagtttcatgtaatcgatgtaattttgcaattttccgcagccagatagttctgacgttcttttccttaacattctggaaaataatttgggttttgtagCAAGCTGCGCTTGTTCTTAATGCTTCTCGTCGATTTCGATATACGCTGGACTTAAAAAGGGAAGAAGATAAGAAACAGATGCTGAGGAAGATGAGAGCGC

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