Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtataacattcattctacatgctttatttcttaccttttgaagtttatagtttctgatactaataattcttgacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGTGGCAGCGGTGGTGGTGCTACGGCCTGACACTTCGTCCAGGTTTAGGGCT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G26840.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT4G26840.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA08G46500.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
------------------------gtataacattcattctacatgct-ttatttcttaccttttgaagtttatagtttctgatactaataattcttgacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGTGGCAG-CGGTGGTGGTGCTACG-GCCTGACACTTCGTCCAGGTTTAGGGCT
                           ||  | | | || | |||   ||  ||||||  | ||  |  |  || ||      | | | |||| |      | ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| || || || || ||  | |    ||     ||   |  |||   | | ||    |  |     
ctcaaatcctacttgtaccatgcaacctagtactgactc-atatgtaattgcttcttatttgttccatctcttaattctgagaaattacaattttg-----tgcagCTAGAGATGGAGGATGGTGATGAGATAGATGCAATGCTGCACCAAACCGGAGGTGGACACAAGTTTCTTTAAATGTATGATGAT-CATCTTCATCAAAATG-

upper sequence: AT4G26840.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA18G35450.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
-------------------gtataacattcattctac--atgctttatttcttaccttttgaagtttatagtttctgatactaataattcttgacact--acagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGTGGCAGCGGTGG--TGGTGCTACGGCCTGACACTTCGTCCAGGTTTAGGGCT
                    |  |||||     | ||  ||   | ||| ||| |  ||||    ||  |  |  | ||  | | || |    |   |   ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| || || || || ||  |   |    |  | | |  |  |||   | | ||    |  |     
tcaaatcctacccgtatccatgcaacatagtcccgactcatatgtaattgcttcctatttg----ttccatctcttaattatgagaaattgcaattttgtgcagCTAGAGATGGAGGATGGTGATGAGATAGATGCAATGCTGCACCAAACCGGAGGTGGACATAAGTTTCTTCAAATGTATGATGAT-CATCTTCATCAAAATG-

upper sequence: AT4G26840.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: PP1S317_15V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
--------------------------------------------------------------------------------------------------gtataacattcat--tctacatgctttatttcttaccttt----tgaagtttatagtttctgatactaataattcttgacact------acagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGTGGCAGCGGTGGTGGTGCTACGGCCTGACACTTC-GTCCAGGTTTAGGGCT
                                                                                                   |  ||| |||    | |||   |||   |   ||  |||      || | | | || | | |   ||| |||| |  ||  |      ||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |  | | |  |   |     | ||  |    || |     | | |  
gtatgcatttcaagttactgtatatttatcttgttctcagtagtagaattttagcatcccgtggctttgtttttctgtcgagatggacggttcacttgattcaactttctcgatttactcacttacctgtctaattttgtttccaaatgttttgtgttttaacataagaattttccacgttgatgtgacagCTTGAAATGGAAGATGGAGATGAGATCGATGCCATGCTTCATCAAACTGGTGGAAATGCTTGCTGACTTGAATGCCGATGCAGGAGTTCGAACATCGTGT-

upper sequence: AT4G26840.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: PP1S61_57V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
---------------gtataacattcattctacatgctttatttcttaccttttgaagtttatagtttctgatacta-ataattc---ttgacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGTGGCAGCGGTGGTGGTGCTACGGCC-TGACACTTCGTCCAGGTTTAGGGCT--
                || | | ||  |  |     |  |  ||  |    | |  | | |||| || || ||   |  | |  |   |  || || ||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| || || ||   |  |  |  || || |    || |   ||   ||| | | |  ||  
cgataacactcgacaatacagcttttgtagtgtgctcagtgattactcgtatatttattgtatatttccttatgaaacgtgacccggctctaccctgcagCTCGACATGGAAGATGGTGACGAGATTGATGCCATGCTCCATCAAACAGGCGGAGCC--TCTTCCTGATATGAATATGCCGTCTCAGGCAG-TGTGGTCCTGA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86022383|gb|DR318136.1|DR318136
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022401|gb|DR318154.1|DR318154
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022413|gb|DR318166.1|DR318166
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022378|gb|DR318131.1|DR318131
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022408|gb|DR318161.1|DR318161
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGANCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGNGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86078728|gb|DR374485.1|DR374485
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022389|gb|DR318142.1|DR318142
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022409|gb|DR318162.1|DR318162
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022416|gb|DR318169.1|DR318169
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|301501469|gb|HO207009.1|HO207009
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022400|gb|DR318153.1|DR318153
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022412|gb|DR318165.1|DR318165
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022375|gb|DR318128.1|DR318128
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|164169235|gb|ES017471.1|ES017471
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAG
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAG
EST: gi|86022380|gb|DR318133.1|DR318133
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022387|gb|DR318140.1|DR318140
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|164041085|gb|ES082739.1|ES082739
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGA
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGA
EST: gi|86022406|gb|DR318159.1|DR318159
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|164168294|gb|ES207541.1|ES207541
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGT
EST: gi|86022371|gb|DR318124.1|DR318124
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|125248696|gb|EL262781.1|EL262781
EST:     TGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: TGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|125280149|gb|EL294234.1|EL294234
EST:     GTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: GTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022382|gb|DR318135.1|DR318135
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022402|gb|DR318155.1|DR318155
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022398|gb|DR318151.1|DR318151
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022390|gb|DR318143.1|DR318143
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022374|gb|DR318127.1|DR318127
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|164221190|gb|ES088344.1|ES088344
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAG
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAG
EST: gi|86022379|gb|DR318132.1|DR318132
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|164004845|gb|ES161657.1|ES161657
EST:     TCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGC-CCATCAGACTGGT
genomic: TCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022403|gb|DR318156.1|DR318156
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022399|gb|DR318152.1|DR318152
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGAYGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|47832237|gb|CK121921.1|CK121921
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022388|gb|DR318141.1|DR318141
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022415|gb|DR318168.1|DR318168
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022405|gb|DR318158.1|DR318158
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAMMCTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|47828148|gb|CK117832.1|CK117832
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022373|gb|DR318126.1|DR318126
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|125219023|gb|EL233108.1|EL233108
EST:     CGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACT
genomic: CGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACT
EST: gi|86022392|gb|DR318145.1|DR318145
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|47832100|gb|CK121784.1|CK121784
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022395|gb|DR318148.1|DR318148
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022407|gb|DR318160.1|DR318160
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|47828098|gb|CK117782.1|CK117782
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022397|gb|DR318150.1|DR318150
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022377|gb|DR318130.1|DR318130
EST:     TTTSTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGACTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: TTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTG-CTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|125212303|gb|EL227257.1|EL227257
EST:     CGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|164185016|gb|ES099028.1|ES099028
EST:     GTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATC
genomic: GTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATC
EST: gi|47831245|gb|CK120929.1|CK120929
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86068459|gb|DR364216.1|DR364216
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCCGATGCTCCATCAGACTGG
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGC-GATGCTCCATCAGACTGG
EST: gi|86022393|gb|DR318146.1|DR318146
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|124808558|gb|EH894624.1|EH894624
EST:     CAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022384|gb|DR318137.1|DR318137
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022414|gb|DR318167.1|DR318167
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|164054619|gb|ES102484.1|ES102484
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGA
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGA
EST: gi|86022411|gb|DR318164.1|DR318164
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022410|gb|DR318163.1|DR318163
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022404|gb|DR318157.1|DR318157
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
EST: gi|86022372|gb|DR318125.1|DR318125
EST:     CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAG                         CTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT
genomic: CTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTTCGTGCTGAGCAAACTCCCGATGAGgtataacatt ... gacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttcttaccttttgaagtttatagtttctgatactaataattcttgacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGTGGCAGCGGTGGTGGTGCTACGGCCTGACACTTCGTCCAGGTTTAGGGCT
                              atactaataattctt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtataacattcattctacatgctttatttcttaccttttgaagtttatagtttctgatactaataattcttgacactacagCTTGACATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCGATGCTCCATCAGACTGGTGGCAGCGGTGGTGGTGCTACGGCCTGACACTTCGTCCAGGTTTAGGGCT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG