1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtaactaaacctttctccgtatcaatttgattttctgggagttgaaaatttcctcatgtttgattatttttgacattggaaagagcttaaacacttatgagtcggttcattttatatatgttgtattgaaattttatcaagtgttgtttgtgattcttttgattagCAACTTGCTTCACATGGCTTGTTCGATGTACACGTAAGAGCTACTGGTGATACTCACATTGATGATCATCATACTAATGAAGATGTTGCTCTTGCCATTG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT4G14910.2 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGTTTCAGATAGCTCCACTGGAATCCCTTTCCTTGATCATATGTTAGAT CAACTTGCTTCACATGGCTTGTTCGAEST: gi|86058149|gb|DR353906.1|DR353906
genomic: GAGTTTCAGATAGCTCCACTGGAATCCCTTTCCTTGATCATATGTTAGATgtaactaaac ... ttttgattagCAACTTGCTTCACATGGCTTGTTCGA
EST: GAGTTTCAGATAKCTCCACTGGAATCCCTTTCCTTGATCATATGTTAGAT CAACTTGCTTCACATGGCTTGTTCGATGTACACGTAAGAGCTACTGGTGATEST: gi|164185802|gb|ES084612.1|ES084612
genomic: GAGTTTCAGATAGCTCCACTGGAATCCCTTTCCTTGATCATATGTTAGATgtaactaaac ... ttttgattagCAACTTGCTTCACATGGCTTGTTCGATGTACACGTAAGAGCTACTGGTGAT
EST: GAGTTTCAGATAGCTCCACTGGAATCCCTTTCCTTGATCATATGTTAGAT CAACTTGCTTCACATGGCTTGTTCGATGTACEST: gi|86058152|gb|DR353909.1|DR353909
genomic: GAGTTTCAGATAGCTCCACTGGAATCCCTTTCCTTGATCATATGTTAGATgtaactaaac ... ttttgattagCAACTTGCTTCACATGGCTTGTTCGATGTAC
EST: GAGTTTCAGATAGCTCCACTGGAATCCCTTTCCTTGATCATATGTTAGAT CAACTTGCTTCACATGGCTTGTTCGATGTACACGTAAGAGCTACTGGTGAT
genomic: GAGTTTCAGATAGCTCCACTGGAATCCCTTTCCTTGATCATATGTTAGATgtaactaaac ... ttttgattagCAACTTGCTTCACATGGCTTGTTCGATGTACACGTAAGAGCTACTGGTGAT
ttatatatgttgtattgaaattttatcaagtgttgtttgtgattcttttgattagCAACTTGCTTCACATGGCTTGTTCGATGTACACGTAAGAGCTACTGGTGATACTCACATTGATGATCATCATACTAATGAAGATGTTGCTCTTGCCATTG
ttctttt CT-rich tract
tatgttgtattgaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaactaaacctttctccgtatcaatttgattttctgggagttgaaaatttcctcatgtttgattatttttgacattggaaagagcttaaacacttatgagtcggttcattttatatatgttgtattgaaattttatcaagtgttgtttgtgattcttttgattagCAACTTGCTTCACATGGCTTGTTCGATGTACACGTAAGAGCTACTGGTGATACTCACATTGATGATCATCATACTAATGAAGATGTTGCTCTTGCCATTG
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