1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtccccctctttgtgtgtttcaattcaatgttgttctctctgcttctctattttgtttcacatgtaatgtttgtgtgcagAGCTGGGAGTACTTAGCTGGAGACTTGATGCTGATAACTATGAAACCGATGAGGATTTGAAAAAGATCCGTGAATCTCGTGGTTACTCTTACATG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT4G14716.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCCTCACCACAAGGATCCTAAAGAGTTTGTATCGTTGGACAAACTTGCAG AGCTGGGAGTACTTAGCTGGAGACTTGATGCTGATAACTATGAAACCGATGEST: gi|19874934|gb|AU235765.1|AU235765
genomic: TCCTCACCACAAGGATCCTAAAGAGTTTGTATCGTTGGACAAACTTGCAGgtccccctct ... ttgtgtgcagAGCTGGGAGTACTTAGCTGGAGACTTGATGCTGATAACTATGAAACCGATG
EST: TCCTCACCACAAGGATCCTAAAGAGTTTGTATCGTTGGACAAACTTGCAG AGCTGGGAGTACTTAGCTGGAGACTTGATGCTGATAACTATGAAACCGATGEST: gi|164079174|gb|ES074481.1|ES074481
genomic: TCCTCACCACAAGGATCCTAAAGAGTTTGTATCGTTGGACAAACTTGCAGgtccccctct ... ttgtgtgcagAGCTGGGAGTACTTAGCTGGAGACTTGATGCTGATAACTATGAAACCGATG
EST: GGACAAACTTGCAG AGCTGGGAGTACTTAGCTGGAGACTTGATGCTGATAACTATGAAACCGATGEST: gi|124729549|gb|EH820951.1|EH820951
genomic: GGACAAACTTGCAGgtccccctct ... ttgtgtgcagAGCTGGGAGTACTTAGCTGGAGACTTGATGCTGATAACTATGAAACCGATG
EST: ATCCTAAAGAGTTTGTATCGTTGGACAAACTTGCAG AGCTGGGAGTACTTAGCTGGAGACTTGATGCTGATAACTATGAAACCGATGEST: gi|152035832|gb|BP862940.2|BP862940
genomic: ATCCTAAAGAGTTTGTATCGTTGGACAAACTTGCAGgtccccctct ... ttgtgtgcagAGCTGGGAGTACTTAGCTGGAGACTTGATGCTGATAACTATGAAACCGATG
EST: TCCTCACCACAAGGATCCTAAAGAGTTTGTATCGTTGGACAAACTTGCAG AGCTGGGAGTACTTAGCTGGAGACTTGATGCTGATAACTATGAAACCGATG
genomic: TCCTCACCACAAGGATCCTAAAGAGTTTGTATCGTTGGACAAACTTGCAGgtccccctct ... ttgtgtgcagAGCTGGGAGTACTTAGCTGGAGACTTGATGCTGATAACTATGAAACCGATG
caatgttgttctctctgcttctctattttgtttcacatgtaatgtttgtgtgcagAGCTGGGAGTACTTAGCTGGAGACTTGATGCTGATAACTATGAAACCGATGAGGATTTGAAAAAGATCCGTGAATCTCGTGGTTACTCTTACATG
tattttgttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtccccctctttgtgtgtttcaattcaatgttgttctctctgcttctctattttgtttcacatgtaatgtttgtgtgcagAGCTGGGAGTACTTAGCTGGAGACTTGATGCTGATAACTATGAAACCGATGAGGATTTGAAAAAGATCCGTGAATCTCGTGGTTACTCTTACATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT