Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagacactttttcatgtctctctttgtatgtatgcctacttttggattctgtgcttaaggtttattggtctgaatctgaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G10340.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT4G10340.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA20G35530.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
-----------------------------------------------------------gtaagacactt----tttcatgtctctctttgtatgta-tgcctacttttggattctgtgcttaaggtttattggtctgaatctgaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
                                                           || |   | |      || ||||  ||   ||| | || ||   | || | | | || || || |  |||  || |||| ||       |||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||| |||| || ||
gtatggtgttttcatctctctagtttccttttctttcatgctacaactctcattgacatgtgaactattgaaaacttgatgttactgaatgtttatagtgttcaattcttgttgctttgtttga--tttgctgatctgcat----gcctgcagTTATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA

upper sequence: AT4G10340.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA09G28200.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
--------------------------------gtaagacactttttcatgtctctctttgtatgtatgcctacttttggattctgtgcttaaggttta--ttggtctg--aatctgaatt--tgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
                                 |||  ||| ||  ||||    || ||  |   |       | |    || | || ||   ||||   ||  | ||  ||| ||  |   ||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||  ||||||| ||
gtatgtggattctcctctcttatagtccacttttaattcacattaacatgctagtcattaaacaaacaatgtttgtgaagttttttggttcttgttttacttaatttggtaatgtgtgtccatgcagCTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAAGACTTTGCCAA

upper sequence: AT4G10340.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA16G33030.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
----------------------------gtaagacactttttcatgtctctctttgtatgtatgcctacttttggattctgtgcttaaggttta--ttggtctg--aatctgaatt--tgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
                             ||   ||| ||  ||||     | ||  |   |       | |    || | || ||   ||||   ||  | ||  ||| ||  |   ||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||  | ||| | ||
gtatgttctcctctcttatagtccacttttagttcacattaacatgcaagccattaaacaaacagtgtttgtgaagttttttggttcttgttttacttaatttggtaatgtgtgtccatgcagCTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAAGATTTTTCCAA

upper sequence: AT4G10340.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA10G32080.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
----------------------------------------------------------gtaagacactt--tttcatgtctctctttgtatgtatgcctac---ttttggattctgtgcttaaggtttattggtctgaatctgaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
                                                          || |   | |   ||  |    |    ||      |||  ||     |||      | |  ||| |  | ||| ||     |       ||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||||| ||| |||| || ||
gtatgtcttttcatctctctagtttccttttctttcatgctacaactctcattgacatgtgaactattgaattgaaaacttgatattactgaaatgtttataatgtttaatccttattgttaggtctaatttgttgattttcatgcctgcagTTATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124934072|gb|EL011173.1|EL011173
EST:     CGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: CGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|125288729|gb|EL302814.1|EL302814
EST:     TGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAA
genomic: TGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGA-GAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAA
EST: gi|124915149|gb|EH989023.1|EH989023
EST:     AGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: AGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|124864959|gb|EH949396.1|EH949396
EST:     AAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: AAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|124786718|gb|EH876397.1|EH876397
EST:     GATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTA
genomic: GATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTC-TTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTA
EST: gi|125133626|gb|EL174997.1|EL174997
EST:     TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTACGACC-ATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|125073755|gb|EL137970.1|EL137970
EST:     TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAG
genomic: TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAG
EST: gi|125036268|gb|EL108537.1|EL108537
EST:     TAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGAACCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: TAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|164057813|gb|ES185055.1|ES185055
EST:     TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTC
genomic: TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTC
EST: gi|125073327|gb|EL137701.1|EL137701
EST:     TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCT
genomic: TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCT
EST: gi|124949138|gb|EL024797.1|EL024797
EST:     GATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         ATTATGGTTAT
genomic: GATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcag-TTATGGTTAT
EST: gi|125039004|gb|EL111273.1|EL111273
EST:     TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGG
genomic: TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGG
EST: gi|116474479|gb|EG517071.1|EG517071
EST:     TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|116474510|gb|EG517102.1|EG517102
EST:     TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|125087811|gb|EL146807.1|EL146807
EST:     AAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTAGAGAACTTTGCTA
genomic: AAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCT-GAGAACTTTGCTA
EST: gi|124890501|gb|EH969403.1|EH969403
EST:     TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|125206097|gb|EL221051.1|EL221051
EST:     GTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: GTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|125129572|gb|EL173267.1|EL173267
EST:     AGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: AGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|116402169|gb|EG444761.1|EG444761
EST:     TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|124744395|gb|EH835557.1|EH835557
EST:     CGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: CGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|116399249|gb|EG441841.1|EG441841
EST:     TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|125009404|gb|EL081673.1|EL081673
EST:     TGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: TGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|116467517|gb|EG510109.1|EG510109
EST:     TTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: TTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|125203304|gb|EL218258.1|EL218258
EST:     TGGTATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: TGG-ATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|124928721|gb|EL006342.1|EL006342
EST:     TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAAC
genomic: TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAAC
EST: gi|124884590|gb|EH963492.1|EH963492
EST:     TTAAACGGTGAAGTTGCTGGAAGAA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAA
genomic: TTAAACGGTGAAGTTGCTGGA-GA-gtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAA
EST: gi|124884590|gb|EH963492.1|EH963492
EST:     TTAAACGGTGAAGTTGCTGGAAGAA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAA
genomic: TTAAACGGTGAAGTTGCTGGA-GA-gtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAA
EST: gi|125272514|gb|EL286599.1|EL286599
EST:     ATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAA-GAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: ATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|124893151|gb|EH972053.1|EH972053
EST:     TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|125037737|gb|EL110006.1|EL110006
EST:     AGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGA
genomic: AGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGA
EST: gi|124806554|gb|EH893319.1|EH893319
EST:     TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTAATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTG
genomic: TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTA-TGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTG
EST: gi|124837389|gb|EH921828.1|EH921828
EST:     TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTT
genomic: TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTT
EST: gi|152035261|gb|BP848964.2|BP848964
EST:     TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAAC
genomic: TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAAC
EST: gi|124772040|gb|EH862169.1|EH862169
EST:     TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|124769468|gb|EH859598.1|EH859598
EST:     TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAA
genomic: TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAA
EST: gi|124749909|gb|EH840039.1|EH840039
EST:     TAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: TAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|152038304|gb|BP813251.2|BP813251
EST:     TTGGATAGATCAGAGATCC-AGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|125048432|gb|EL120701.1|EL120701
EST:     TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAG
genomic: TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAG
EST: gi|124869592|gb|EH954029.1|EH954029
EST:     TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAG
genomic: TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAG
EST: gi|124789792|gb|EH879471.1|EH879471
EST:     TACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTCGCTAA
genomic: TACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|124803674|gb|EH891911.1|EH891911
EST:     TTGGACAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGG
genomic: TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGG
EST: gi|124888275|gb|EH967177.1|EH967177
EST:     GATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTG
genomic: GATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTG
EST: gi|125212120|gb|EL227074.1|EL227074
EST:     AAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: AAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|125258127|gb|EL272212.1|EL272212
EST:     TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTG
genomic: TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTG
EST: gi|152034553|gb|BP831179.2|BP831179
EST:     GGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACCTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTGGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: TGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTAC-TTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|124926895|gb|EL004680.1|EL004680
EST:     AGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTA
genomic: AGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGC-TGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTA
EST: gi|124891750|gb|EH970652.1|EH970652
EST:     GTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAG
genomic: GTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAG
EST: gi|125111224|gb|EL162793.1|EL162793
EST:     AGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: AGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|152035451|gb|BP853946.2|BP853946
EST:     T-GGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTGGCTAA
genomic: TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|125240384|gb|EL254469.1|EL254469
EST:     GGATAGATCAGAGATCCCAGTAGTTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: GGATAGATCAGAGATCCCAG-AG-TACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|124979152|gb|EL052237.1|EL052237
EST:     AGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: AGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|125197240|gb|EL212194.1|EL212194
EST:     AGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAG
genomic: AGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAG
EST: gi|124924215|gb|EL002333.1|EL002333
EST:     CGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: CGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|125034494|gb|EL106763.1|EL106763
EST:     AGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAG
genomic: AGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAG
EST: gi|125231125|gb|EL245210.1|EL245210
EST:     TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: TTGGATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|86080759|gb|DR376516.1|DR376516
EST:     GATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: GATAGATCAGAGATCCCAGAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|125208884|gb|EL223838.1|EL223838
EST:     AGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGG                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: AGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|125199377|gb|EL214331.1|EL214331
EST:     GTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: GTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
EST: gi|124758397|gb|EH848527.1|EH848527
EST:     TGGATAGATCAGAGATCCCAGTAGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGA                         TTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
genomic: TGGATAGATCAGAGATCCCAG-AGTACTTAAACGGTGAAGTTGCTGGAGAgtaagacact ... gaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgcctacttttggattctgtgcttaaggtttattggtctgaatctgaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA
                            tttatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagacactttttcatgtctctctttgtatgtatgcctacttttggattctgtgcttaaggtttattggtctgaatctgaatttgcagTTATGGTTATGACCCATTTGGTCTTGGAAAGAAGCCTGAGAACTTTGCTAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC