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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atgttctttatcatatacttgttatggttctatctttgttgatagttataagtatgtttgttcttgtattaataatttgatgaaattttactaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACATTGAGGTCTGACTTTTTTGTTGCGGCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G55440.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G55440.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv13s0019g01090.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
--atgttctttatcatatacttgttatggttctatctttgttgatagttataagtatgtttgttcttgtattaataatttgatgaaattttactaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACATTGAGGTCTGACTTTTTTGTTGCGGCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGG
    ||   |  |  |  ||   |||| |   |   ||||| || || |||        |||    | | |  ||   |  |     |||| ||   | |||||||||| || |||||||||| ||| ||||||||  |||| || ||||| |||||| |||| |||  ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||
gtgagtgaatcttggtggacactttattgcaattcatttgtggaaagctatggtggccattgcgagtctttggattgctataacttgttttccttt-tacagAGGTTGTCGTGAGCCCTCCATTTGTGTTTCTTCCATTGGTGAAAAGCACCTTGAGGCCTGATTTTCATGTTGCGGCACAAAATTGTTGGGTCAAGAAGGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116434595|gb|EG477187.1|EG477187
EST:     GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
genomic: GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
EST: gi|116434695|gb|EG477287.1|EG477287
EST:     GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
genomic: GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
EST: gi|116434684|gb|EG477276.1|EG477276
EST:     GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
genomic: GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
EST: gi|125217183|gb|EL231266.1|EL231266
EST:     CCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATG-TTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
genomic: CCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
EST: gi|125178676|gb|EL196990.1|EL196990
EST:     TTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCTTGGTTAAGAGCACAT
genomic: TTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
EST: gi|124858765|gb|EH943202.1|EH943202
EST:     CACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTT-CTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
genomic: CACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
EST: gi|125300387|gb|EL314472.1|EL314472
EST:     GATTGTGAACACTCTTAATGAGGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTC
genomic: GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTC
EST: gi|164215502|gb|ES190033.1|ES190033
EST:     GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATAATGTTTT-CTTCCCCTGGTTAAGAGCACA
genomic: GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATA-TGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACA
EST: gi|125303516|gb|EL317601.1|EL317601
EST:     GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCA
genomic: GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCA
EST: gi|125252879|gb|EL266964.1|EL266964
EST:     AATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
genomic: AATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
EST: gi|125061315|gb|EL129954.1|EL129954
EST:     AAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACA
genomic: AAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTG-TAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACA
EST: gi|116434506|gb|EG477098.1|EG477098
EST:     GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
genomic: GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
EST: gi|116434673|gb|EG477265.1|EG477265
EST:     GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
genomic: GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
EST: gi|116434661|gb|EG477253.1|EG477253
EST:     GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
genomic: GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
EST: gi|124934815|gb|EL011855.1|EL011855
EST:     GATTGTGAACACTCTTAATGAGGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATA
genomic: GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATA
EST: gi|124793211|gb|EH882890.1|EH882890
EST:     GGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATG-TTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
genomic: GGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
EST: gi|116434628|gb|EG477220.1|EG477220
EST:     GATTGTGAACATTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGCTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
genomic: GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
EST: gi|116443947|gb|EG486539.1|EG486539
EST:     GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
genomic: GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
EST: gi|116443934|gb|EG486526.1|EG486526
EST:     GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
genomic: GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
EST: gi|124783998|gb|EH873774.1|EH873774
EST:     TTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTACTTCCCCTGGTTAAGAGCACA
genomic: TTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTT-CTTCCCCTGGTTAAGAGCACA
EST: gi|124840507|gb|EH924946.1|EH924946
EST:     AATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTT-CTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
genomic: AATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
EST: gi|116434539|gb|EG477131.1|EG477131
EST:     GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
genomic: GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
EST: gi|124901674|gb|EH975754.1|EH975754
EST:     TTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
genomic: TTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
EST: gi|124758329|gb|EH848459.1|EH848459
EST:     AACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
genomic: AACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
EST: gi|125191798|gb|EL206752.1|EL206752
EST:     GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCC
genomic: GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCC
EST: gi|116434639|gb|EG477231.1|EG477231
EST:     GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
genomic: GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
EST: gi|116434584|gb|EG477176.1|EG477176
EST:     GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
genomic: GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
EST: gi|116434617|gb|EG477209.1|EG477209
EST:     GATTGTGAACATTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGCTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
genomic: GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
EST: gi|116434495|gb|EG477087.1|EG477087
EST:     GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGCTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
genomic: GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
EST: gi|116434717|gb|EG477309.1|EG477309
EST:     GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCCTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
genomic: GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
EST: gi|124790310|gb|EH879989.1|EH879989
EST:     GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATAATGTTTT-CTTCCCCTGGTTAAGAGCACA
genomic: GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATA-TGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACA
EST: gi|125024193|gb|EL096462.1|EL096462
EST:     GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCC
genomic: GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCC
EST: gi|125291044|gb|EL305129.1|EL305129
EST:     GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAG
genomic: GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAG
EST: gi|124816693|gb|EH901559.1|EH901559
EST:     AACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
genomic: AACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
EST: gi|116430495|gb|EG473087.1|EG473087
EST:     GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
genomic: GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
EST: gi|164114328|gb|ES061724.1|ES061724
EST:     GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTT
genomic: GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTT
EST: gi|116434650|gb|EG477242.1|EG477242
EST:     GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAG                         AGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT
genomic: GATTGTGAACACTCTTAATGAAGCTCAGGTTCCTTCACAGGATGTTGTAGgtatgtgtag ... ctaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttataagtatgtttgttcttgtattaataatttgatgaaattttactaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACATTGAGGTCTGACTTTTTTGTTGCGGCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGG
                                           tactaaa  putative branch site (score: 1)
                                        ttttact  CT-rich tract
               ttcttgtattaataat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atgttctttatcatatacttgttatggttctatctttgttgatagttataagtatgtttgttcttgtattaataatttgatgaaattttactaaatgcagAGGTTGTGGTTAGCCCTCCATATGTTTTTCTTCCCCTGGTTAAGAGCACATTGAGGTCTGACTTTTTTGTTGCGGCACAAAACTGTTGGGTTAAGAAAGG

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