Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtttcaatatccaatctttgtcttatcataagggtttagtcttgttaagtttaatctaatggacttggtgggtggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCTCAGGAATGGGCAGCACTACCAGGGGGTCAAGCCACTTACTTGGGAAACC

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G54890.4
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G54890.4 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA02G07180.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
---------gtaagtttcaatatccaatctttgtcttatcataagggtttagtcttgttaag------tttaatctaatggacttggtgggtggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCTCAGGAATGGGCAGCACTACCAGGGGGTCAAGCCACTTACTTGGGAAACC
          |   ||||| |    ||  |  ||  ||||| |     |      | ||||       |||||| |  || | ||  |      | ||| |||| ||||||||||| ||||| ||||| || |  || |||||||| ||||||||||||||||||||| | || ||||| ||||| || ||| | || || |
gagatccaattttatttcacttgaaaaagtacgtggtatcagacattgtccccgatattaaaaaaaactttaatatgctgaaatttcttat--attttgcagCCAGGGATTTTGGTTCCAGAGGCATTGGGCTTAGGCAACTGGGTAAAGGCTCAGGAATGGGCAGCAGTTCCTGGGGGCCAAGCAACCTACCTAGGCAATC

upper sequence: AT3G54890.4 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA16G26130.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
-------------gtaagtttcaata-tccaatctttgtc-ttatcataagggtttagtcttgttaagtttaatctaatggacttggtgggtggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCTCAGGAATGGGCAGCACTACCAGGGGGTCAAGCCACTTACTTGGGAAACC
              | | ||  || | |    | |  | | || ||   |   || |    |   |  | |||| |  || | ||  |      | ||| |||| ||||||||||| ||||| ||||| || |  || |||||||| ||||||||||||||||| ||| | || || || ||||| || ||| | || ||||
gatctaattttatttcacttgaaaaagtgtggtatcagacattgtccccaatattaaaaaataaaagctctaatatgctgaaattacttat--attttgcagCCAGGGATTTTGGTTCCAGAGGCATTGGGCTTAGGCAACTGGGTAAAGGCTCAGGAATGGGCTGCAGTTCCTGGTGGCCAAGCAACCTACCTAGGCAACC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164235070|gb|ES158833.1|ES158833
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTA
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTA
EST: gi|124994999|gb|EL067268.1|EL067268
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACT
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACT
EST: gi|116463834|gb|EG506426.1|EG506426
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125003807|gb|EL076076.1|EL076076
EST:     TAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125241023|gb|EL255108.1|EL255108
EST:     CTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: CTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|124998461|gb|EL070730.1|EL070730
EST:     CTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: CTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125117839|gb|EL166804.1|EL166804
EST:     AAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: AAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|124820943|gb|EH905809.1|EH905809
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATAT
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATAT
EST: gi|164068879|gb|ES124456.1|ES124456
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACC
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACC
EST: gi|125069738|gb|EL135408.1|EL135408
EST:     TAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125227104|gb|EL241189.1|EL241189
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGTATTTTGGTACCAGAAGCA
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGG-ATTTTGGTACCAGAAGCA
EST: gi|125096451|gb|EL153249.1|EL153249
EST:     CCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: CCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125024023|gb|EL096292.1|EL096292
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAA
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAA
EST: gi|164219022|gb|ES110084.1|ES110084
EST:     ATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAANGGC
genomic: ATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAA-GGC
EST: gi|124790883|gb|EH880562.1|EH880562
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAA
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAA
EST: gi|125025796|gb|EL098065.1|EL098065
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCA
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCA
EST: gi|125230698|gb|EL244783.1|EL244783
EST:     ATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: ATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|124711578|gb|EH802980.1|EH802980
EST:     AGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAG
genomic: AGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAG
EST: gi|125269392|gb|EL283477.1|EL283477
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCA
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCA
EST: gi|124815361|gb|EH900227.1|EH900227
EST:     CTCATCCACTGTAGATGGGCTATTGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: CTCATCCACTGTAGATGGGCTA-TGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|124845313|gb|EH929750.1|EH929750
EST:     AGTCAGAGCTCATCCACTGTAGTATTGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: AGTCAGAGCTCATCCACTGTAG-A-TGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125073150|gb|EL137589.1|EL137589
EST:     TGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCGTTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125288149|gb|EL302234.1|EL302234
EST:     CTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGC
genomic: CTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGA-TTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGC
EST: gi|125043178|gb|EL115447.1|EL115447
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGC
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGC
EST: gi|124717769|gb|EH809171.1|EH809171
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCA
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCA
EST: gi|124984186|gb|EL056860.1|EL056860
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACT
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACT
EST: gi|125137631|gb|EL177476.1|EL177476
EST:     CTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: CTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125277781|gb|EL291866.1|EL291866
EST:     TCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125143826|gb|EL180006.1|EL180006
EST:     CTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: CTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|124862962|gb|EH947399.1|EH947399
EST:     TGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGC
genomic: TGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGG-TACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGC
EST: gi|124873602|gb|EH955247.1|EH955247
EST:     TCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|164225186|gb|ES176305.1|ES176305
EST:     TGCTCGCTGTT                         CCTGGGA-TTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125265886|gb|EL279971.1|EL279971
EST:     TAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125243667|gb|EL257752.1|EL257752
EST:     TGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125089240|gb|EL147682.1|EL147682
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAA
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAA
EST: gi|124899932|gb|EH974550.1|EH974550
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGG
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGG
EST: gi|125300977|gb|EL315062.1|EL315062
EST:     GAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAG
genomic: GAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAG
EST: gi|124902441|gb|EH976521.1|EH976521
EST:     CCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: CCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|86077674|gb|DR373431.1|DR373431
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|124752030|gb|EH842160.1|EH842160
EST:     ATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: ATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|164018486|gb|ES056713.1|ES056713
EST:     GTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGC
genomic: GTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGC
EST: gi|124892170|gb|EH971072.1|EH971072
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGG
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGG
EST: gi|124866593|gb|EH951030.1|EH951030
EST:     GAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGA
genomic: GAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGA
EST: gi|124890608|gb|EH969510.1|EH969510
EST:     AGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCGTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: AGAGCTCATCCACTGTAGATGGGC-TATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|124777559|gb|EH867502.1|EH867502
EST:     TCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATNTGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125277563|gb|EL291648.1|EL291648
EST:     CCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAAGGA
genomic: CCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAA-GG-
EST: gi|125181735|gb|EL197726.1|EL197726
EST:     TACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|116462138|gb|EG504730.1|EG504730
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125268202|gb|EL282287.1|EL282287
EST:     ATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTAGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAG
genomic: ATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCT-GTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAG
EST: gi|125027112|gb|EL099381.1|EL099381
EST:     TCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125246533|gb|EL260618.1|EL260618
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGG
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGG
EST: gi|125220314|gb|EL234399.1|EL234399
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGG
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGG
EST: gi|125114072|gb|EL164652.1|EL164652
EST:     TCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|124779400|gb|EH869343.1|EH869343
EST:     AGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: AGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125124301|gb|EL170331.1|EL170331
EST:     CTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: CTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125051360|gb|EL123629.1|EL123629
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGG
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGG
EST: gi|125150486|gb|EL183109.1|EL183109
EST:     CAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGC
genomic: CAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGC
EST: gi|164167220|gb|ES183181.1|ES183181
EST:     ATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: ATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125225969|gb|EL240054.1|EL240054
EST:     AGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: AGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|124827278|gb|EH912144.1|EH912144
EST:     CTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAGACTGGGTTAAGGCT
genomic: CTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|124843700|gb|EH928137.1|EH928137
EST:     CAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCA
genomic: CAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCA
EST: gi|125032108|gb|EL104377.1|EL104377
EST:     TGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCGTTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125267615|gb|EL281700.1|EL281700
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAG
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAG
EST: gi|125305825|gb|EL319910.1|EL319910
EST:     AGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: AGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|124747568|gb|EH837698.1|EH837698
EST:     ACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: ACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125308195|gb|EL322280.1|EL322280
EST:     ATACAAAGAAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGG
genomic: ATACAAAG-AGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGG
EST: gi|164007093|gb|ES180836.1|ES180836
EST:     TACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|124855888|gb|EH940325.1|EH940325
EST:     AGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTT
genomic: AGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTT
EST: gi|116462155|gb|EG504747.1|EG504747
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|124792076|gb|EH881755.1|EH881755
EST:     GAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: GAGCTCATCCACTGTAGATGGGC-TATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|124800267|gb|EH889932.1|EH889932
EST:     CAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGG
genomic: CAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGG
EST: gi|125129253|gb|EL173129.1|EL173129
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAA
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAA
EST: gi|125174869|gb|EL195342.1|EL195342
EST:     TGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125300830|gb|EL314915.1|EL314915
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAA
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taagggtttagtcttgttaagtttaatctaatggacttggtgggtggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCTCAGGAATGGGCAGCACTACCAGGGGGTCAAGCCACTTACTTGGGAAACC
                         atctaat  putative branch site (score: 3)
                ttaagtttaatctaat  TA-rich tract