1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtaagccatagttgctcggccgcttatttcttttttggctcatgattgggtctacttttcttatactttgtggtttcttgaatgcagAGTATGCTTAACACGGTTTAAGGACTGCCCTCTATGCGGTGCTGACATTGAAAGTATTGAAGTTGATGAAAACCTTCAGAAGATGGTTGATCAATTTATT
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G54360.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTCTATATGAGAGCAGTAGATGTGTGCCTTGCACACATGTGTTCTGCAA AGTATGCTTAACACGGTTTAAGGACTGCCCTCTATGCGGTGCTGACATTGAEST: gi|124723355|gb|EH814757.1|EH814757
genomic: CTTCTATATGAGAGCAGTAGATGTGTGCCTTGCACACATGTGTTCTGCAAgtaagccata ... ttgaatgcagAGTATGCTTAACACGGTTTAAGGACTGCCCTCTATGCGGTGCTGACATTGA
EST: CTTCTATATGAGAGCAGTAGATGTGTGCCTTGCACACATGTGTTCTGCAA AGTATGCTTAACACGGT
genomic: CTTCTATATGAGAGCAGTAGATGTGTGCCTTGCACACATGTGTTCTGCAAgtaagccata ... ttgaatgcagAGTATGCTTAACACGGT
ttttggctcatgattgggtctacttttcttatactttgtggtttcttgaatgcagAGTATGCTTAACACGGTTTAAGGACTGCCCTCTATGCGGTGCTGACATTGAAAGTATTGAAGTTGATGAAAACCTTCAGAAGATGGTTGATCAATTTATT
tttctt CT-rich tract
ttttcttatacttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagccatagttgctcggccgcttatttcttttttggctcatgattgggtctacttttcttatactttgtggtttcttgaatgcagAGTATGCTTAACACGGTTTAAGGACTGCCCTCTATGCGGTGCTGACATTGAAAGTATTGAAGTTGATGAAAACCTTCAGAAGATGGTTGATCAATTTATT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG