1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gtattaatatactcttacttacatactcagtgttatatcagtacggcttcatcgaagattgataggtttgcgtttttttctatttgggggaagtagATACATCTTCTGGGATTTCTTCTGTACGAGAAGCTTGGGAGAGTCAGAGGAAGAATTACGATGTGGAATTCTTTGAAGCTGATCCTTCCAAG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G52210.2 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGAAACCGACNAGTGGGAAGCTGCTCCGATTGGTCACTACATCGGAATTG ATACATCTTCTGGGATTTCTTCTGTACGAGAAGCTTGGGAGAGTCAGAGGAEST: gi|86072178|gb|DR367935.1|DR367935
genomic: CGAAACCGACAAGTGGGAAGCTGCTCCGATTGGTCACTACATCGGAATTGgtattaatat ... ggggaagtagATACATCTTCTGGGATTTCTTCTGTACGAGAAGCTTGGGAGAGTCAGAGGA
EST: CGAAACCGACAAGTGGNAAGCTGCTCCGATTGGCCACTACATCGGAATTG ATACATCTTCTGGGATTTCTTCTGTACGAGAAGCTTGGGAGAGTCAGAGGA
genomic: CGAAACCGACAAGTGGGAAGCTGCTCCGATTGGTCACTACATCGGAATTGgtattaatat ... ggggaagtagATACATCTTCTGGGATTTCTTCTGTACGAGAAGCTTGGGAGAGTCAGAGGA
tacggcttcatcgaagattgataggtttgcgtttttttctatttgggggaagtagATACATCTTCTGGGATTTCTTCTGTACGAGAAGCTTGGGAGAGTCAGAGGAAGAATTACGATGTGGAATTCTTTGAAGCTGATCCTTCCAAG
gattgat putative branch site (score: 4)
tttttttctattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtattaatatactcttacttacatactcagtgttatatcagtacggcttcatcgaagattgataggtttgcgtttttttctatttgggggaagtagATACATCTTCTGGGATTTCTTCTGTACGAGAAGCTTGGGAGAGTCAGAGGAAGAATTACGATGTGGAATTCTTTGAAGCTGATCCTTCCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT