Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatgtttctgcaactttgttctatcttgtaattttggttatgttcaatgtgttttagctgtcaactggttttcgtttgttttgttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTCTTCTGAAGTTGGCTGGAACCATTACGATACCATCAAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G24830.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G24830.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv05s0029g00020.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
----gtaatgtttctgcaactt-tgttctatcttgtaattttggttatgttcaatgtgttttagctgtcaactggtttt--cgtttg----ttttgttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTCTTCTGAAGTTGGCTGGAACCATTACGATACCATCAAG
    ||  ||| | ||    || | || ||| || || ||||  ||  |  | ||   || | | ||      |  |||   | |||    |||||      | ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |  | || || || || || |||||||| || || |||||||||
gtgagttctgtatttgagttttattttttattttttattttttatttaggcctataaattcttgttggtttgagactttaatgcttgagatttttgggaaaatcagGGTTTTGAGGCTTCAAGCTGGGCACAAGTACTGCTTGTTGGGCAGGCTTTCATCAGAGGTGGGATGGAACCACTATGAAACCATCAAG

upper sequence: AT3G24830.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv07s0005g06490.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
------------------------------------gtaatgttt--ctgcaactttgttcta----tcttgtaattttggttatgt---tcaatgtgttttagctgtcaactggttt--tcgtttgttttgttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTCTTCTGAAGTTGGCTGGAACCATTACGATACCATCAAG
                                    | | |  ||   ||    || |||  |    | ||||  ||||  | ||||   | ||| | | ||   ||  || || |||  | ||| |||    |    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || ||  | || || || ||||| ||||||||||||||||||||||  
gttagtttcttgtttctcttgattatcgttgtctctgaatttcttaattggggtttggtttcaagtctattgtttttttaatcatgtgttttaatct-tgtttcttgctaattgatttgatggttggttgaaataaaattagGGTTTTGAGGCTTCAGGCTGGACACAAGTACTGCTTGCTTGGCCGGCTTTCCTCAGAGGTTGGATGGAACCATTACGATACCATCAGA

upper sequence: AT3G24830.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: PP1S80_110V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
-------------------------------------------------------------------gtaatgtttctgcaactttgt---tctatcttgtaattttg--gttatgttcaatgtgt---tttagctgtcaact----ggttttcgtttgttttgttttgttta-----gGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTCTTCTGAAGTTGGCTGGAACCATTACGATACCATCAAG------------
                                                                    |||   |        | |||    |||   |||||||  |    || |    |  ||    ||||  | |||||      ||| ||   |  |   |||  |  |     ||||  ||||||| ||  |||| ||||||| ||| |||||||| ||||||||    || ||||| ||| |||||||||||||||||||             
gtgagtctctcataatatttatgatctcacttggtaaagttaaagatggcgttctaagttatttgctttaagcatcaaattggtctgtactcctacagtgtaattccgtaactaagcagcacatgcgactttatatttcaacatagaagttctcaggtactaactttcatacaaaacagGGTACTGAGGCTGCAACCTGGACACAAGTTCTGTTTGTTGGGCCGTTTGTCCGAGGAGGTTGGATGGCACCATTACGATACCATCAAAGAGTTGGAGGAG

upper sequence: AT3G24830.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: PP1S165_40V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
---gtaatgtttctgcaactttgttctatcttgtaattttgg--ttatgttcaatgtgttttagctgtcaactggttttcgtttgttttgttttgttt-agGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTCTTCTGAAGTTGGCTGGAACCATTACGATACCATCAAG
     | | |       | | |    | | || | | ||  |  || || |||   | |   |||      ||| |  |   |  |   | |    || |||||||||||||| ||| |||| ||||| | ||| ||||||||||| |||||    || || || ||| | |||||||| |||||||||
tccacattatgatgattattattacttttattattacttccgcgttgtggtcacaatatcacagc-acgtgctgatcctgaatactacggctccacttcagGGTGTTGAGGCTGCAGCCTGGCCACAAATTCTGTTTGTTGGGACGCTTGTCAGAGGAGGTCGGATGGCATCATTACGACACCATCAAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86064141|gb|DR359898.1|DR359898
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
EST: gi|164184785|gb|ES074592.1|ES074592
EST:     TGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTAGCTTGTTGGGACGTTTGT
genomic: TGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACT-GCTTGTTGGGACGTTTGT
EST: gi|116457624|gb|EG500216.1|EG500216
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGCCGTT
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTT
EST: gi|124770662|gb|EH860792.1|EH860792
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGNTGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCA
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCA
EST: gi|164035113|gb|ES152293.1|ES152293
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGT
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGT
EST: gi|116445907|gb|EG488499.1|EG488499
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
EST: gi|125208353|gb|EL223307.1|EL223307
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAA
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAA
EST: gi|116457623|gb|EG500215.1|EG500215
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAAAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGCCGTT
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTT
EST: gi|164086474|gb|ES049737.1|ES049737
EST:     CAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
genomic: CAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
EST: gi|164036901|gb|ES184162.1|ES184162
EST:     TCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGACTTACAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTG
genomic: TCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGG-CTT-CAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTG
EST: gi|125256874|gb|EL270959.1|EL270959
EST:     TCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
genomic: TCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
EST: gi|86086265|gb|DR382024.1|DR382024
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
EST: gi|164120006|gb|ES158610.1|ES158610
EST:     TCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGGTTGGGACGTTTGT
genomic: TCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTG-TTGGGACGTTTGT
EST: gi|86064135|gb|DR359892.1|DR359892
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
EST: gi|86078574|gb|DR374331.1|DR374331
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
EST: gi|125278723|gb|EL292808.1|EL292808
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTT
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTT
EST: gi|164208028|gb|ES053873.1|ES053873
EST:     CTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
genomic: CTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
EST: gi|86064139|gb|DR359896.1|DR359896
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
EST: gi|47828738|gb|CK118422.1|CK118422
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
EST: gi|116443797|gb|EG486389.1|EG486389
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
EST: gi|125071802|gb|EL136721.1|EL136721
EST:     TCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
genomic: TCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
EST: gi|125204303|gb|EL219257.1|EL219257
EST:     CCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
genomic: CCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
EST: gi|86064136|gb|DR359893.1|DR359893
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCARGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
EST: gi|116391668|gb|EG434260.1|EG434260
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
EST: gi|86081584|gb|DR377341.1|DR377341
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
EST: gi|116457638|gb|EG500230.1|EG500230
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCCGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGCCGTT
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTT
EST: gi|164234911|gb|ES052730.1|ES052730
EST:     GAGAATGGTCATTCCTGATGTCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGT
genomic: GAGAATGGTCATTCCTGATG-CTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGT
EST: gi|86064132|gb|DR359889.1|DR359889
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGAGACGTTTGTC
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
EST: gi|86082055|gb|DR377814.1|DR377814
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
EST: gi|125309305|gb|EL323390.1|EL323390
EST:     CCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
genomic: CCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
EST: gi|86084454|gb|DR380213.1|DR380213
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGATAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCA-A-GTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
EST: gi|125018919|gb|EL091188.1|EL091188
EST:     TCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
genomic: TCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
EST: gi|116457615|gb|EG500207.1|EG500207
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGCCGTT
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTT
EST: gi|164050367|gb|EL990662.1|EL990662
EST:     GAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
genomic: GAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
EST: gi|116457620|gb|EG500212.1|EG500212
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCAC
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCAC
EST: gi|164073593|gb|ES089167.1|ES089167
EST:     GGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
genomic: GGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
EST: gi|125006623|gb|EL078892.1|EL078892
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTG
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTG
EST: gi|116457619|gb|EG500211.1|EG500211
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGCCGTT
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTT
EST: gi|116457632|gb|EG500224.1|EG500224
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGCCGTT
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTT
EST: gi|86064137|gb|DR359894.1|DR359894
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
EST: gi|164127075|gb|ES180474.1|ES180474
EST:     TGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
genomic: TGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
EST: gi|164189526|gb|ES003829.1|ES003829
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGC
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGC
EST: gi|124834678|gb|EH919117.1|EH919117
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTAC
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTAC
EST: gi|125088037|gb|EL146950.1|EL146950
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCA
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCA
EST: gi|116457618|gb|EG500210.1|EG500210
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAAGTACTGCTTGTTGGGCCGTT
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAA-GTACTGCTTGTTGGGACGTT
EST: gi|125208782|gb|EL223736.1|EL223736
EST:     GTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
genomic: GTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
EST: gi|86064133|gb|DR359890.1|DR359890
EST:     CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         TGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC
genomic: CCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaatgtttc ... ttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgttcaatgtgttttagctgtcaactggttttcgtttgttttgttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTCTTCTGAAGTTGGCTGGAACCATTACGATACCATCAAG
                                        ttttgtttt  CT-rich tract
                                        ttttgttttgttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaatgtttctgcaactttgttctatcttgtaattttggttatgttcaatgtgttttagctgtcaactggttttcgtttgttttgttttgtttagGGTGTTGAGGCTTCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTTTGTCTTCTGAAGTTGGCTGGAACCATTACGATACCATCAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA