Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gattttgctaaatgtatacaacttaaatatgtattatatatattacacaataatgacacataaatttatatgatttttgaatgtcttgaatatcttcaagGAAACTATGGAGCACAAGGAATGATAGATTTCATGAACGAGAGCAAGCTAATGAATCTGCTGAATAGCTCTGAGTATGTGCCAAGCTACGAGGACAAAGA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G23050.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G23050.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G138268_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
--gattttgctaaatgtatacaacttaaatatgtattatatatattacac-aataatgacacataaatttatatgatttttgaatgtcttgaatatcttcaagGAAACTATGGAGCACAAGGAATGATAGATTTCATGAACGAGAGCAAGCTAATGAATCTGCTGAATAGCTCTGAGTATGTGCCAAGCTACGAGGACAAAGA---
  | |       | ||| | || |  |    || |    ||| | |||    |    || | ||||  | |    ||   || |||  | |      |   ||||| || |||  | ||||| ||||  |    ||||||||||||||||||  || ||||||| ||  |||| ||||| ||||| | |||||||||||| ||   
aggttcaaatcgactgtttgcagcacattattgcagagcatacactaccttgacttggatatataa-ctaaccaaatgaatggatggatggtgaggttc--agGAAGCTGTGGGTCTCAAGGGATGAACGG---CATGAACGAGAGCAAGCTGGTGGATCTGCTCAACGGCTCCGAGTACGTGCCGACCTACGAGGACAAGGACGG

upper sequence: AT3G23050.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA20G35270.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gattttgctaaatgtat-acaacttaaatatgta-ttatatatattacacaataatgacacataaatttata--tgatttttgaatgtcttgaatatcttcaagGAAACTATGGAGCACAAGGAATGATAGATTTCATGAACGAGAGCAAGCTAATGAATCTGCTGAATAGCTCTGAGTATGTGCCAAGCTACGAGGACAAAGA
   || | |||     |    | |   | ||  |  |||||  |||      || | |   |  | ||| ||  |  || ||  || | |||||  |  | |||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||| |||| || || ||||||||||||||||||||||| || || || ||
---ttggttaatcaccttgggattgttacattcagctatatg-attgtgggttattaaactagtattttctagatatttatttcatatattgaaactggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGATGGATCTTCTTAACAGCTCTGAGTATGTGCCAAGCTATGAAGATAAGGA

upper sequence: AT3G23050.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA10G32340.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
---gattttgctaaatgtatacaacttaaatatgtattatatatattacacaataatgacacataaatttatatgatttttgaatgtcttgaatatcttcaagGAAACTATGGAGCACAAGGAATGATAGATTTCATGAACGAGAGCAAGCTAATGAATCTGCTGAATAGCTCTGAGTATGTGCCAAGCTACGAGGACAAAGA
    ||     |   | | |   | | |  ||| |  | | |   |||   ||  ||      ||   || | |  || |   || | ||| |     | |||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||| |||| || || ||||||||||||||||||| ||| || || || ||
attaatcacattgggtttgttacattcagctatatgat-tgtgggttattaaactatattt--tagtgttgtttatttatgttatatattggaacgggtgaagGTAACTATGGGGCCCAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGATGGATCTTCTTAACAGCTCTGAGTATGTGCCAACCTATGAAGATAAGGA

upper sequence: AT3G23050.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv05s0020g04690.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
--gattttgctaaatgtatacaacttaaatatgtattatatatattacacaataatgacacataaatttatatgatttttgaatg-tcttgaatatcttcaagGAAACTATGGAGCACAAGGAATGATAGATTTCATGAACGAGAGCAAGCTAATGAATCTGCTGAATAGCTCTGAGTATGTGCCAAGCTACGAGGACAAAGA
   | | |   ||      |     | | |   || | |  || |||  |  | || | | |  | |    ||    ||   ||| || || ||   ||  ||| |||||||| || || |||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||| ||||  |||| |||||||| ||||| |||| ||| || || || ||
tgtactgtaacaacctagcatggtgttattg-atacttttaatgttaggc--ttataatatactagtaatgatctccttgttatggtcatggattcattgcagGCAACTATGGGGCCCAGGGAATGATAGATTTTATGAATGAGAGCAAGTTGATGGATCTTTTGAACAGCTCTGAATATGTTCCAACCTATGAAGATAAGGA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124776405|gb|EH866532.1|EH866532
EST:     CCAGGATCTTTCTGATGCATTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTTACTATGG                         GAAACTAATGGAGCACAAGGAATGATAGATTTC
genomic: CCAGGATCTTTCTGATGCATTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTTACTATGGgtacgtatta ... tatcttcaagGAAACTA-TGGAGCACAAGGAATGATAGATTTC
EST: gi|125316170|gb|EL330255.1|EL330255
EST:     CCAGGATCTTTCTGATGCATTGGCCAAAGTGTTCAGCTCCTTTACTATGG                         GAAACTATGGAGCACAAGGAATGATAG
genomic: CCAGGATCTTTCTGATGCATTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTTACTATGGgtacgtatta ... tatcttcaagGAAACTATGGAGCACAAGGAATGATAG
EST: gi|124724621|gb|EH816023.1|EH816023
EST:     CCAGGATCTTTCTGATGCATTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTTACTATGG                         GAAACTATGGAGCACA
genomic: CCAGGATCTTTCTGATGCATTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTTACTATGGgtacgtatta ... tatcttcaagGAAACTATGGAGCACA
EST: gi|125120388|gb|EL168129.1|EL168129
EST:     CCAGGATCTTTCTGATGCATTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTTACTATGG                         GAAACTATGGAGCACAAGGAATGATAGATTTC
genomic: CCAGGATCTTTCTGATGCATTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTTACTATGGgtacgtatta ... tatcttcaagGAAACTATGGAGCACAAGGAATGATAGATTTC
EST: gi|125265387|gb|EL279472.1|EL279472
EST:     TTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTTACTATGG                         GAAACTATGGAGCACAAGGAATGATAGATTTCATGAACGAGAGCAAGCTAA
genomic: TTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTTACTATGGgtacgtatta ... tatcttcaagGAAACTATGGAGCACAAGGAATGATAGATTTCATGAACGAGAGCAAGCTAA
EST: gi|124978510|gb|EL051677.1|EL051677
EST:     CCAGGATCTTTCTGATGCATTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTTACTATGG                         GAAACTATGGAGCACAAGGAATGATAGATTTCATGAACGAGAG
genomic: CCAGGATCTTTCTGATGCATTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTTACTATGGgtacgtatta ... tatcttcaagGAAACTATGGAGCACAAGGAATGATAGATTTCATGAACGAGAG
EST: gi|124777549|gb|EH867492.1|EH867492
EST:     CCAGGATCTTTCTGATGCATTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTTACTATGG                         GAAACTATGGAGCACAAGGAATGATAGATTTCA
genomic: CCAGGATCTTTCTGATGCATTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTTACTATGGgtacgtatta ... tatcttcaagGAAACTATGGAGCACAAGGAATGATAGATTTCA
EST: gi|125203021|gb|EL217975.1|EL217975
EST:     CCAGGATCTTTCTGATGCATTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTTACTATGG                         GAAACTATGGAGCACAAGGAATGATAG
genomic: CCAGGATCTTTCTGATGCATTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTTACTATGGgtacgtatta ... tatcttcaagGAAACTATGGAGCACAAGGAATGATAG
EST: gi|125223210|gb|EL237295.1|EL237295
EST:     ATTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTTACTATGG                         G-AACTATGGAGCACAAGGAATGATAGATTTCATGAACGAGAGCAAGCTAA
genomic: ATTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTTACTATGGgtacgtatta ... tatcttcaagGAAACTATGGAGCACAAGGAATGATAGATTTCATGAACGAGAGCAAGCTAA
EST: gi|124718538|gb|EH809940.1|EH809940
EST:     CAGGATCTTTCTGATGCATTGGCCAAAATGTTCAGCTACCTTTACTATGG                         GAAACTATGGAGCACAA
genomic: CAGGATCTTTCTGATGCATTGGCCAAAATGTTCAGCT-CCTTTACTATGGgtacgtatta ... tatcttcaagGAAACTATGGAGCACAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cacaataatgacacataaatttatatgatttttgaatgtcttgaatatcttcaagGAAACTATGGAGCACAAGGAATGATAGATTTCATGAACGAGAGCAAGCTAATGAATCTGCTGAATAGCTCTGAGTATGTGCCAAGCTACGAGGACAAAGA
                                             tatcttc  CT-rich tract
              ataaatttatatgatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gattttgctaaatgtatacaacttaaatatgtattatatatattacacaataatgacacataaatttatatgatttttgaatgtcttgaatatcttcaagGAAACTATGGAGCACAAGGAATGATAGATTTCATGAACGAGAGCAAGCTAATGAATCTGCTGAATAGCTCTGAGTATGTGCCAAGCTACGAGGACAAAGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAAGCT