Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatatgcaattatgtttatgtaaaagtggaagtgaaaacattagatgaatattatggtgactgcgtatgaaataggaatcatttggtctttgtgtgtggtgtagATGTAAGAGTTGGGGATGAACTTTTGGTTGATGGTGGGATGGTGAGATTTGAAGTGATTGAGAAGATTGGTCCTGATGTTAAGTGTCTATGTACCGATCC

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G22960.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G22960.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA10G32230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
gtatatgcaattatgtttatgtaaaagtggaagtgaaaacattagatgaatattatggtgactgcgtatgaaataggaatcatt-tggtctttgtgtgtggtg-tagATGTAAGAGTTGGGGATGAACTTTTGGTTGATGGTGGGATGGTGAGATTTGAAGTGATTGAGAAGATTGGTCCTGATGTTAAGTGTCTATGTACCGATCC
                         |    |  | |  | |||  ||  ||  | || |   |   | | | |    ||| |||    | |   ||||  |||  |||||| | ||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||| || ||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |  ||||| |||||
----------------------gttaactaacttcaccaaattttatctattgtttgtttgtttgttgttagactctaatgattgcaatgtgattgtgatgtggcagATGTGAAAGTGGGGGATGAGCTTTTGGTGGATGGAGGAATGGTTAGGTTTGAGGTGATTCAGAAGATAGGTCCAGATGTTAAGTGCCGTTGTACTGATCC

upper sequence: AT3G22960.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA20G35400.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
gtatatgcaattatgtttatgtaaaagtggaagtgaaaacattagatgaatattatggtgactgcgtatgaaataggaatcatttggtctttgtgtg-tggtgtagATGTAAGAGTTGGGGATGAACTTTTGGTTGATGGTGGGATGGTGAGATTTGAAGTGATTGAGAAGATTGGTCCTGATGTTAAGTGTCTATGTACCGATCC
                         |    |  | |  | |||  |  |||  | || |   ||  | | | |    ||| |||      |  |||| ||  | |||||| | ||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||| || ||||| |||||| |||| || ||||| ||||| ||||| |  ||||| |||||
----------------------gttaactaacttaatcaaattttagcaattgtttgtt--ttgt-tgttagactctaatgattgcaatgtgatgtgatgtggcagATGTGAAAGTGGGGGATGAACTTTTGGTGGATGGAGGAATGGTTAGGTTTGAGGTGATTCAGAAAATAGGTCCAGATGTAAAGTGCCGTTGTACTGATCC

upper sequence: AT3G22960.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv00s0179g00350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
gtatatgcaattatgtttatgtaaaagtggaagtgaaaacattagatgaatattatggtgactgcgtatgaaataggaatcatttggtc-tttgtgtgtggtgtagATGTAAGAGTTGGGGATGAACTTTTGGTTGATGGTGGGATGGTGAGATTTGAAGTGATTGAGAAGATTGGTCCTGATGTTAAGTGTCTATGTACCGATCC
||||       ||  | | |||       |||| || |  | | | |     || ||   |    ||  |||||    |  ||    |  |||   | ||  | |||||| | ||| || ||||||||  | || ||||| || ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |  ||||| ||| |
gtattactttctaattctgtgtttgctgtgaagagatacgagt-gctactccttttgtatatgttgtgagaaattttgaatatccacttattttcatatgtggcagATGTGAAAGTGGGTGATGAACTCCTTGTGGATGGAGGAATGGTAAGATTTGAGGTGATTGACAAGATTGGTCCAGATGTCAAGTGCCGCTGTACAGATTC

upper sequence: AT3G22960.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv05s0020g04480.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
-----------------------------gtatatgcaattatgtttatgtaaaagtggaagtgaaaacattagatgaa---tattatggtgactgcgtatgaaat------aggaatcatttggtctttgtgtgtggtgtagATGTAAGAGTTGGGGATGAACTTTTGGTTGATGGTGGGATGGTGAGATTTGAAGTGATTGAGAAGATTGGTCCTGATGTTAAGTGTCTATGTACCGATCC
                               || ||| |   | ||||   |||      | ||      || | || |   |  |  | ||     || | |  |      |    ||| |||  ||||   | ||    |||||| | |||||| ||||||||  | || |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| |||||
gtcattatcttagtatcatcttttggttgaaatgtgctacattctttactaaaactaatgaatgcttgtgtttgttgtaacatgcttagatgcacatgtttaatgttcattaaattctcaattgagcttta-atctgactcagATGTGAAAGTTGGTGATGAACTCCTTGTGGATGGTGGAATGGTGAGGTTTGATGTGATTGAGAAGATTGGTCCAGATGTCAAGTGTCGATGTACTGATCC

upper sequence: AT3G22960.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: PP1S284_7V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
--------------------------------------------------------gtatatgcaattatg---tttatgtaaaagtggaagtgaaaacattagatgaatattatggtg-----actgcgtatgaaa-taggaatcatt-tggtctttg-tgtgtggtg-tagATGTAAGAGTTGGGGATGAACTTTTGGTTGATGGTGGGATGGTGAGATTTGAAGTGATTGAGAAGATTGGTCCTGATGTTAAGTGTCTATGTACCGATCC
                                                         |   ||||| |  |   | ||    | | ||      | |  ||     | ||  | | ||      |    ||||| |  ||   ||  || || || | | ||  |  ||  |||||| || |||||||||||| |  | || || || ||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||    || || |||||
gtatcctggcattgtgtacaatttgccctcttctcaatcattcgaatgagacagagatggctgcaacttggaactctacacgatattgttgagtataggatccttcgcatgcttttgtcttgctatcctgtatgcacctaatcattgttgtgatcatcgatgcttcttggcagATGTCAGGGTTGGGGATGAATTGCTCGTAGACGGAGGGATGGTGCGATTTGAAGTGATCGAGAAGATCGGTCCTGATGTCAAGTGCAAGTGCACTGATCC

upper sequence: AT3G22960.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: PP1S70_15V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
----------------------------------------------------gtatatgcaattatgtttatgtaaaagtggaagtgaaaacattagatgaatattat----ggtgactgcgtatgaaataggaatc-atttggtctttgtgtgtggtgtagATGTAAGAGTTGGGGATGAACTTTTGGTTGATGGTGGGATGGTGAGATTTGAAGTGATTGAGAAGATTGGTCCTGATGTTAAGTGTCTATGTACCGATCC
                                                      || || ||         | |||  |   | |||    | || |     | |  |    || | |||  ||   ||| | | |  |||||||||     ||    | |||||| |   |||| |||||  |  | || || || ||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| || || |||||    || || || ||
gtattctgtcattgtgcttctagcgatctttcaactgagacgagaagggttgcaatttgtaaagcacaacttttaagtgctcatgtgcgttccttggcgtgctttcgtttcgggagcctgtttactcaatcgtagttgatttggtctacccttg----gcagATGTTAAGATTGGAGATGAGTTGCTTGTGGACGGAGGGATGGTGCGATTTGAAGTGATCGAGAAGATCGGTCCCGACGTCAAGTGCAAGTGCACTGACCC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125082321|gb|EL143245.1|EL143245
EST:     TTCTCGTCCTGAACGTACCATTAGTGTTAGCTACGATGGTTTCGCTGAAG                         ATGTAAGAGTTGGGGATGAACTTTTGGTTGATGGTGGGATGGTG
genomic: TTCTCGTCCTGAACGTACCATTAGTGTTAGCTACGATGGTTTCGCTGAAGgtatatgcaa ... tgtggtgtagATGTAAGAGTTGGGGATGAACTTTTGGTTGATGGTGGGATGGTG
EST: gi|125225769|gb|EL239854.1|EL239854
EST:     CTACGATGGTTTCGCTGAAG                         ATGTAAGAGTTGGGGATGAACTTTTGGTTGATGGTGGGATGGTGAGATTTG
genomic: CTACGATGGTTTCGCTGAAGgtatatgcaa ... tgtggtgtagATGTAAGAGTTGGGGATGAACTTTTGGTTGATGGTGGGATGGTGAGATTTG
EST: gi|124795094|gb|EH884773.1|EH884773
EST:     GTACCATTAGTGTTAGCTACGATGGTTTCGCTGAAG                         ATGTAAGAGTTGGGGATGAACTTTTGGTTGATGGTGGGATGG
genomic: GTACCATTAGTGTTAGCTACGATGGTTTCGCTGAAGgtatatgcaa ... tgtggtgtagATGTAAGAGTTGGGGATGAACTTTTGGTTGATGGTGGGATGG
EST: gi|47830818|gb|CK120502.1|CK120502
EST:     TTCTCGTCCTGAACGTACCATTAGTGTTAGCTACGATGGTTTCGCTGAAG                         ATGTAAGAGTTGGGGATGAACTTTTGGTTGATGGTGGGATGGTGAGATTTG
genomic: TTCTCGTCCTGAACGTACCATTAGTGTTAGCTACGATGGTTTCGCTGAAGgtatatgcaa ... tgtggtgtagATGTAAGAGTTGGGGATGAACTTTTGGTTGATGGTGGGATGGTGAGATTTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattatggtgactgcgtatgaaataggaatcatttggtctttgtgtgtggtgtagATGTAAGAGTTGGGGATGAACTTTTGGTTGATGGTGGGATGGTGAGATTTGAAGTGATTGAGAAGATTGGTCCTGATGTTAAGTGTCTATGTACCGATCC
                tatgaaata  TA-rich tract