Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgctattacttttcattggggtttgttttcttggttggcataagatgaagacttatgtcatctctcacagGTTCTTTTTGATCAATGGGAGACTAATGAGTTTGAGAATGTTATGAAGATCAATGTTCGTCTGCATAATTATCCTGAATCTTCTATCTCCCTGAAAAACC

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G09660.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116402435|gb|EG445027.1|EG445027
EST:     AGGATAATCCTAAAGGAGTTATCCCATGTATGAATGCTGCTGTTCACAAG                         GTTCTTTTTGATCAATGGGAGACTAATGAGTTTGAGAATGTTATGAAGATC
genomic: AGGATAATCCTAAAGGAGTTATCCCATGTATGAATGCTGCTGTTCACAAGgtatgctatt ... tctctcacagGTTCTTTTTGATCAATGGGAGACTAATGAGTTTGAGAATGTTATGAAGATC
EST: gi|116402760|gb|EG445352.1|EG445352
EST:     AGGATAATCCTAAAGGAGTTATCCCATGTATGAATGCTGCTGTTCACAAG                         GTTCTTTTTGATCAATGGGAGACTAATGAGTTTGAGAATGTTATGAAGATC
genomic: AGGATAATCCTAAAGGAGTTATCCCATGTATGAATGCTGCTGTTCACAAGgtatgctatt ... tctctcacagGTTCTTTTTGATCAATGGGAGACTAATGAGTTTGAGAATGTTATGAAGATC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttggggtttgttttcttggttggcataagatgaagacttatgtcatctctcacagGTTCTTTTTGATCAATGGGAGACTAATGAGTTTGAGAATGTTATGAAGATCAATGTTCGTCTGCATAATTATCCTGAATCTTCTATCTCCCTGAAAAACC
                                          tcatctctc  CT-rich tract
      tttgtttt  TA-rich tract