1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtttgtccttttaccctttcattttcattttttttcagtttccttcatttatacttacaagtagctacagtctctgaaactttgattcttccttcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTCTTCTGAAGTCGGGTGGAACCACTACGACACCATCAAG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G07110.2 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAA GGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTCEST: gi|116476045|gb|EG518637.1|EG518637
genomic: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtcctt ... tcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTC
EST: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAA GGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTCEST: gi|116476043|gb|EG518635.1|EG518635
genomic: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtcctt ... tcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTC
EST: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAA GGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTCEST: gi|47828023|gb|CK117707.1|CK117707
genomic: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtcctt ... tcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTC
EST: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAA GGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTCEST: gi|124998364|gb|EL070633.1|EL070633
genomic: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtcctt ... tcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTC
EST: CTACTCCATATGACAAGATCTAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAA GGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTEST: gi|164237726|gb|ES111608.1|ES111608
genomic: CTACTCCATATGACAAGATC-AAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtcctt ... tcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGT
EST: CTACCTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAA GGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACEST: gi|164028574|gb|ES114297.1|ES114297
genomic: CTA-CTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtcctt ... tcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGAC
EST: GGATGGT-GTTCCTGATGCTCTCAA GGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTCEST: gi|124991924|gb|EL064193.1|EL064193
genomic: GGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtcctt ... tcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTC
EST: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAA GGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTEST: gi|164126500|gb|ES025351.1|ES025351
genomic: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtcctt ... tcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGT
EST: AAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAA GGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTCEST: gi|164125823|gb|ES167477.1|ES167477
genomic: AAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtcctt ... tcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTC
EST: GATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAA GGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGTCCTTTEST: gi|116476053|gb|EG518645.1|EG518645
genomic: GATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtcctt ... tcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCG-CCTTT
EST: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAA GGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTTEST: gi|124918200|gb|EH992062.1|EH992062
genomic: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtcctt ... tcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTC
EST: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAA GGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAAEST: gi|116476052|gb|EG518644.1|EG518644
genomic: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtcctt ... tcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAA
EST: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAA GGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTCEST: gi|86071402|gb|DR367159.1|DR367159
genomic: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtcctt ... tcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTC
EST: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAA GGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTCEST: gi|125070425|gb|EL135839.1|EL135839
genomic: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtcctt ... tcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTC
EST: CCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAA GGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGEST: gi|164004429|gb|ES139760.1|ES139760
genomic: CCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtcctt ... tcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCG
EST: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAA GGTTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAAEST: gi|47828463|gb|CK118147.1|CK118147
genomic: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtcctt ... tcttgatcagGGT-CTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAA
EST: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAA GGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTCEST: gi|164090559|gb|ES204970.1|ES204970
genomic: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtcctt ... tcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTC
EST: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAA GGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGEST: gi|86071400|gb|DR367157.1|DR367157
genomic: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtcctt ... tcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGG
EST: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAA GGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTCEST: gi|124855338|gb|EH939775.1|EH939775
genomic: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtcctt ... tcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTC
EST: CCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAA GGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTEST: gi|163966499|gb|ES185804.1|ES185804
genomic: CCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtcctt ... tcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTT
EST: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAA GGTCTTGAGGCTGCAGGEST: gi|86071403|gb|DR367160.1|DR367160
genomic: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtcctt ... tcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGG
EST: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAA GGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTCEST: gi|125000163|gb|EL072432.1|EL072432
genomic: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtcctt ... tcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTC
EST: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAA GGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATAEST: gi|47832308|gb|CK121992.1|CK121992
genomic: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtcctt ... tcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATA
EST: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAA GGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTCEST: gi|47830930|gb|CK120614.1|CK120614
genomic: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtcctt ... tcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTC
EST: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAA GGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTCEST: gi|124858960|gb|EH943397.1|EH943397
genomic: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtcctt ... tcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTC
EST: TATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAA GGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGEST: gi|116447425|gb|EG490017.1|EG490017
genomic: TATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtcctt ... tcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCG
EST: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAA GGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAAEST: gi|116476054|gb|EG518646.1|EG518646
genomic: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtcctt ... tcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAA
EST: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAA GGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTCEST: gi|124836536|gb|EH920975.1|EH920975
genomic: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtcctt ... tcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTC
EST: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAA GGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTG
genomic: CCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtcctt ... tcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTG
ttatacttacaagtagctacagtctctgaaactttgattcttccttcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTCTTCTGAAGTCGGGTGGAACCACTACGACACCATCAAG
ctttgattcttccttc CT-rich tract
aaacttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtttgtccttttaccctttcattttcattttttttcagtttccttcatttatacttacaagtagctacagtctctgaaactttgattcttccttcttgatcagGGTCTTGAGGCTGCAGGCTGGACACAAATACTGTCTGTTGGGTCGCCTTTCTTCTGAAGTCGGGTGGAACCACTACGACACCATCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA