Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttaccccatcttctttgctctgtcttattaacaagctgttttttgtacactaacaaagcttttgctatttccttgtgcagTTGCATATCTTTATTTTTTCTCATCTCAAGTCAGGAGGAGTATAGTTTATGGAGGTCATCCAAGGAATAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G02410.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116389289|gb|EG431881.1|EG431881
EST:     ACTTGCTCTTGCTTGTTATGCAATGCTCCTTATGCCTGGTTTCCTTCAAG                         TTGCATATCTTTATTTTTTCTCATCTCAAGTCAGGAGGAGTATAGTTTATG
genomic: ACTTGCTCTTGCTTGTTATGCAATGCTCCTTATGCCTGGTTTCCTTCAAGgttaccccat ... ccttgtgcagTTGCATATCTTTATTTTTTCTCATCTCAAGTCAGGAGGAGTATAGTTTATG
EST: gi|116389287|gb|EG431879.1|EG431879
EST:     ACTTGCTCTTGCTTGTTATGCAATGCTCCTTATGCCTGGTTTCCTTCAAG                         TTGCATATCTTTATTTTTTCTCATCTCAAGTCAGGAGGAGTATAGTTTATG
genomic: ACTTGCTCTTGCTTGTTATGCAATGCTCCTTATGCCTGGTTTCCTTCAAGgttaccccat ... ccttgtgcagTTGCATATCTTTATTTTTTCTCATCTCAAGTCAGGAGGAGTATAGTTTATG
EST: gi|116389292|gb|EG431884.1|EG431884
EST:     ACTTGCTCTTGCTTGTTATGCAATGCTCCTTATGCCTGGTTTCCTTCAAG                         TTGCATATCTTTATTTTTTCTCATCTCAAGTCAGGAGGAGTATAGTTTATG
genomic: ACTTGCTCTTGCTTGTTATGCAATGCTCCTTATGCCTGGTTTCCTTCAAGgttaccccat ... ccttgtgcagTTGCATATCTTTATTTTTTCTCATCTCAAGTCAGGAGGAGTATAGTTTATG
EST: gi|116389288|gb|EG431880.1|EG431880
EST:     ACTTGCTCTTGCTTGTTATGCAATGCTCCTTATGCCTGGTTTCCTTCAAG                         TTGCATATCTTTATTTTTTCTCATCTCAAGTCAGGAGGAGTATAGTTTATG
genomic: ACTTGCTCTTGCTTGTTATGCAATGCTCCTTATGCCTGGTTTCCTTCAAGgttaccccat ... ccttgtgcagTTGCATATCTTTATTTTTTCTCATCTCAAGTCAGGAGGAGTATAGTTTATG
EST: gi|116389291|gb|EG431883.1|EG431883
EST:     ACTTGCTCTTGCTTGTTATGCAATGCTCCTTATGCCTGGTTTCCTTCAAG                         TTGCATATCTTTATTTTTTCTCATCTCAAGTCAGGAGGAGTATAGTTTATG
genomic: ACTTGCTCTTGCTTGTTATGCAATGCTCCTTATGCCTGGTTTCCTTCAAGgttaccccat ... ccttgtgcagTTGCATATCTTTATTTTTTCTCATCTCAAGTCAGGAGGAGTATAGTTTATG
EST: gi|116389290|gb|EG431882.1|EG431882
EST:     ACTTGCTCTTGCTTGTTATGCAATGCTCCTTATGCCTGGTTTCCTTCAAG                         TTGCATATCTTTATTTTTTCTCATCTCAAGTCAGGAGGAGTATAGTTTATG
genomic: ACTTGCTCTTGCTTGTTATGCAATGCTCCTTATGCCTGGTTTCCTTCAAGgttaccccat ... ccttgtgcagTTGCATATCTTTATTTTTTCTCATCTCAAGTCAGGAGGAGTATAGTTTATG
EST: gi|116389281|gb|EG431873.1|EG431873
EST:     ACTTGCTCTTGCTTGTTATGCAATGCTCCTTATGCCTGGTTTCCTTCAAG                         TTGCATATCTTTATTTTTTCTCATCTCAAGTCAGGAGGAGTATAGTTTATG
genomic: ACTTGCTCTTGCTTGTTATGCAATGCTCCTTATGCCTGGTTTCCTTCAAGgttaccccat ... ccttgtgcagTTGCATATCTTTATTTTTTCTCATCTCAAGTCAGGAGGAGTATAGTTTATG
EST: gi|116389278|gb|EG431870.1|EG431870
EST:     ACTTGCTCTTGCTTGTTATGCAATGCTCCTTATGCCTGGTTTCCTTCAAG                         TTGCATATCTTTATTTTTTCTCATCTCAAGTCAGGAGGAGTATAGTTTATG
genomic: ACTTGCTCTTGCTTGTTATGCAATGCTCCTTATGCCTGGTTTCCTTCAAGgttaccccat ... ccttgtgcagTTGCATATCTTTATTTTTTCTCATCTCAAGTCAGGAGGAGTATAGTTTATG
EST: gi|116389280|gb|EG431872.1|EG431872
EST:     ACTTGCTCTTGCTTGTTATGCAATGCTCCTTATGCCTGGTTTCCTTCAAG                         TTGCATATCTTTATTTTTTCTCATCTCAAGTCAGGAGGAGTATAGTTTATG
genomic: ACTTGCTCTTGCTTGTTATGCAATGCTCCTTATGCCTGGTTTCCTTCAAGgttaccccat ... ccttgtgcagTTGCATATCTTTATTTTTTCTCATCTCAAGTCAGGAGGAGTATAGTTTATG
EST: gi|116389279|gb|EG431871.1|EG431871
EST:     ACTTGCTCTTGCTTGTTATGCAATGCTCCTTATGCCTGGTTTCCTTCAAG                         TTGCATATCTTTATTTTTTCTCATCTCAAGTCAGGAGGAGTATAGTTTATG
genomic: ACTTGCTCTTGCTTGTTATGCAATGCTCCTTATGCCTGGTTTCCTTCAAGgttaccccat ... ccttgtgcagTTGCATATCTTTATTTTTTCTCATCTCAAGTCAGGAGGAGTATAGTTTATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattaacaagctgttttttgtacactaacaaagcttttgctatttccttgtgcagTTGCATATCTTTATTTTTTCTCATCTCAAGTCAGGAGGAGTATAGTTTATGGAGGTCATCCAAGGAATAG
                      cactaac  putative branch site (score: 1)
                                 cttttgctatttcctt  putative PPT
             ttttttgta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttaccccatcttctttgctctgtcttattaacaagctgttttttgtacactaacaaagcttttgctatttccttgtgcagTTGCATATCTTTATTTTTTCTCATCTCAAGTCAGGAGGAGTATAGTTTATGGAGGTCATCCAAGGAATAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA