Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtgttgagttctttcttagtgtgtattatacccttgatatgagttcaagtttccatgtgtgttgactccgatggcttgtgtggtatcttgcagGATTAAGGATATGTTCTATCATGTCAATGATAGATCTGGACTAAAGTCCCCACTAATAGCCGATGATGTGTTTGAGATAATTATGCAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G21790.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116415267|gb|EG457859.1|EG457859
EST:     ATTGCTGTGTCGAATCTCCACAAGAACACTAAGAAGTCATTTTCTGAGAC                         GATTAAGGATATGTTCTATCATGTCAATGATAGATCTGGACTAAAGTCCCC
genomic: ATTGCTGTGTCGAATCTCCACAAGAACACTAAGAAGTCATTTTCTGAGACgtgagtgttg ... tatcttgcagGATTAAGGATATGTTCTATCATGTCAATGATAGATCTGGACTAAAGTCCCC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgagttcaagtttccatgtgtgttgactccgatggcttgtgtggtatcttgcagGATTAAGGATATGTTCTATCATGTCAATGATAGATCTGGACTAAAGTCCCCACTAATAGCCGATGATGTGTTTGAGATAATTATGCAG
                     tgttgac  putative branch site (score: 3)