Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   
15  
 5'  3'   
16  
 5'  3'   
17  
 5'  3'   
18  
 5'  3'   
19  
 5'  3'   
20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   
22  
 5'  3'   
23  
 5'  3'   
24  
 5'  3'   
25  
 5'  3'   
26  
 5'  3'   
27  
 5'  3'   
28  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtagcagctatgtgttctcttttctgtttcttgctcttttcgttgaacctttgatttatgaaccataagcttgtgtaatccaaagttgtgattgttggttttgatgatatatttggagtttttttcaaagtttttctaatatctacatgtcgtattcttatcaatcagATTTGTGAGGATATTCCGCATGTCTTGGATACAGAAGTGCCTGGCTTAGCAGAACGCCCTATCAACATTTTCCTGCCTAGGCTATTACAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G16950.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86068099|gb|DR363856.1|DR363856
EST:     ACAGTAATGACCTTAATCACATGGATGGTGCTATGGATGCATTGTCAAAG                         ATTTGTGAGGATATTCCGCATGTCTTGGATACAGAAGTGCCTGGCTTAGCA
genomic: ACAGTAATGACCTTAATCACATGGATGGTGCTATGGATGCATTGTCAAAGgtatgtagca ... tatcaatcagATTTGTGAGGATATTCCGCATGTCTTGGATACAGAAGTGCCTGGCTTAGCA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggagtttttttcaaagtttttctaatatctacatgtcgtattcttatcaatcagATTTGTGAGGATATTCCGCATGTCTTGGATACAGAAGTGCCTGGCTTAGCAGAACGCCCTATCAACATTTTCCTGCCTAGGCTATTACAG
                    ttctaat  putative branch site (score: 2)
 ttcttatc  putative PPT
 tttttttcaaagtttt  TA-rich tract