Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgttcctcacagagaatgtttgaatggaaaacgttaacgtcatctgtatcttgacttgtttttggttttgcgattctctcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTATCTTTGCGGAAGCGCTCGCTCTATACGGCCTAATTGTAGGCATCATTTTA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G16510.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT2G16510.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os02g34510.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
----gtttgttcctcacagagaatgtttgaa----tggaaaacgttaacgtcatctgtatcttgac---ttgtttt----tggttttgcgattctctcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTATCTTTGCGGAAGCGCTCGCTCTATACGGCCTAATTGTAGGCATCATTTTA
      |    | |     ||  || ||| |      | ||   | |   | ||   |  ||||      |||| |    |  | |     | ||||||||||||||||||| ||||| || || ||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||| || || || || || ||||| || ||||| || 
atttcatgacactttgtgcagcttgattggaaccacaggaattttgatttttatgctttgcttggtgcgctgttctaacataatctacttttgctctcagGGCAAATGCTCAACAGCCAAAACTGTTTGTGGGTATGATCCTCATCCTTATCTTTGCGGAAGCGCTTGCACTCTATGGTCTCATTGTTGGTATCATCTTG

upper sequence: AT2G16510.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os05g01560.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
---------------gtttgttcctcacagagaatgtttgaatggaaaacgttaacgtcatctgtatcttgac--ttgtttttggttttgcgattctctcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTATCTTTGCGGAAGCGCTCGCTCTATACGGCCTAATTGTAGGCATCATTTTA
               |||| || ||  | |  | | ||  || | ||| |  |   ||   | | |  |||||  ||| || ||||||  |   |||  |||||| ||||| |||||||| ||| | || || || ||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||| || |||||  | 
aaaatagcagatagagtttctttctatctgttactattgtaa-gtaaagcactcttgtttgcaggaaattgacatttggttctggtttacctcctctg-cagGGCCAATGCGCAGCAGCCAAAGTTGTTCGTGGGCATGATCCTCATCCTTATCTTTGCAGAAGCTCTTGCTCTGTATGGCCTGATTGTTGGTATCATCCTC

upper sequence: AT2G16510.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G028432_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
---------gtttgttcctcacagagaatgtttgaatggaaaacgttaacgtcatctgtatcttgacttgtttttggttttgcg---attctct----cagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTATCTTTGCGGAAGCGCTCGCTCTATACGGCCTAATTGTAGGCATCATTTTA
           |||| |  |   |  ||  |  || ||  || ||     |    ||  |    ||| | |  |     |  |     |||| |    |||||| || ||||||||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| || || || ||||||||  | 
cacttaaacacttgtcctacttgggaaa-atcggattgtcaaccgggctggctgcctagacggcgacatctcctcatcctgacacttgttcttttgcgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCAAAGCTGTTTGTGGGCATGATCCTCATCCTCATCTTCGCTGAAGCGCTCGCCCTATACGGTCTCATCGTCGGCATCATCCTC

upper sequence: AT2G16510.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM5G893252_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
------------------gtttgttcctcacagagaatgtttgaatggaaaacgttaacgtcatctgtatcttgacttgtttttggttttgcgattctctcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTATCTTTGCGGAAGCGCTCGCTCTATACGGCCTAATTGTAGGCATCATTTTA
                   ||||  ||| | |    |  ||   ||  |   ||||  |  ||| |   ||||  ||  || |  | |||  |       |||||| ||||| |||||||| ||| | ||||| || |||||||| ||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| || || || || |||||| | 
tctcttatacagccaaatttttgcaccttaaacctcaaatt-atatccagcccgttgtcaacatgtcattcttatctaattct--gatttatgtcgtctccagGGCGAATGCACAGCAGCCAAAGTTGTTTGTGGGCATGATTCTGATCCTTATCTTCGCAGAAGCTCTTGCTCTGTACGGTCTCATCGTCGGTATCATTCTC

upper sequence: AT2G16510.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G177005_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
---------------gtttgttcctcacagagaatgtttga-atggaaaacgttaacgtc--atctgtatcttgacttgtttttggttttgcgattctctcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTATCTTTGCGGAAGCGCTCGCTCTATACGGCCTAATTGTAGGCATCATTTTA
                 ||  ||||  |      | ||| | |  | |  | |     |   |  | ||  ||||||  |||||||     |||||   ||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||| ||||| || ||||| || || || |||||||| ||||| || || |||||||| || || ||  | 
agtagctcacatgcaactttctcctggcgtttcttcttttacagaggaggcatgggaattgaaattttagtttgactaatttttgggccaccgatt---tcagGGCAAATGCGCAACAGCCAAAGCTTTTCGTTGGCATGATCCTCATCCTCATTTTCGCAGAAGCGCTTGCTCTCTATGGTCTAATTGTTGGAATTATCCTT

upper sequence: AT2G16510.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G101020_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
-------gtttgttc---ctcacagagaatgt--ttgaatggaaaacgttaacgtcat-ctgtatcttgactt-gtttttggttttgcgattctct-cagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTATCTTTGCGGAAGCGCTCGCTCTATACGGCCTAATTGTAGGCATCATTTTA
         |||| |    ||  | |  || |  |  | |||||   ||  ||   |  | | | | |  ||  ||  |     |||   || | | |||||| || ||||||||||| ||| | |||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||| || || || || || || || || ||||| ||  | 
ttcaaagagttgtcctagttcgaaaattatattatcaactggaacctgtctactctagaccgcaacatctctccgtcctaacacttgttcttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTATTTTTGCTGAAGCACTTGCCCTCTATGGTCTCATCGTCGGCATTATCCTC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124858461|gb|EH942898.1|EH942898
EST:     GACTCTCAGCTGGTATTGGCTATTGGAATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGGA
genomic: GACTCTCAGCTGGTA-TGGCTATTGGAATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAGgtttgttcct ... attctctcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGGA
EST: gi|86019203|gb|DR314949.1|DR314949
EST:     GGACTCTCAGCTGGTATGGCTATTGGAATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAG                         GGCAAATGCTCAG
genomic: GGACTCTCAGCTGGTATGGCTATTGGAATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAGgtttgttcct ... attctctcagGGCAAATGCTCAG
EST: gi|86019207|gb|DR314953.1|DR314953
EST:     GGACTCTCAGCTGGTATGGCTATTGGAATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAG                         GGCAAATGCTCAGCAGC
genomic: GGACTCTCAGCTGGTATGGCTATTGGAATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAGgtttgttcct ... attctctcagGGCAAATGCTCAGCAGC
EST: gi|86019212|gb|DR314958.1|DR314958
EST:     GGACTCTCAGCTGGTATGGCTATTGGAATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGC
genomic: GGACTCTCAGCTGGTATGGCTATTGGAATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAGgtttgttcct ... attctctcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGC
EST: gi|86019209|gb|DR314955.1|DR314955
EST:     GGACTCTCAGCTGGTATGGCTATTGGAATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
genomic: GGACTCTCAGCTGGTATGGCTATTGGAATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAGgtttgttcct ... attctctcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
EST: gi|125192015|gb|EL206969.1|EL206969
EST:     AATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGGATGATTCTTA
genomic: AATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAGgtttgttcct ... attctctcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGGATGATTCTTA
EST: gi|86019202|gb|DR314948.1|DR314948
EST:     GGACTCTCAGCTGGTATGGCTATTGGAATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAG                         GGCAAATGTCTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGGAWGATTCTTATCCTTA
genomic: GGACTCTCAGCTGGTATGGCTATTGGAATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAGgtttgttcct ... attctctcagGGCAAATG-CTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTA
EST: gi|86019211|gb|DR314957.1|DR314957
EST:     GGACTCTCAGCTGGTATGGCTATTGGAATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGGATGAT
genomic: GGACTCTCAGCTGGTATGGCTATTGGAATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAGgtttgttcct ... attctctcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGGATGAT
EST: gi|124814666|gb|EH899532.1|EH899532
EST:     GGACTCTCAGCTGGTATGGCTATTGGAATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAG                         GGCAAATGCTCAGCA
genomic: GGACTCTCAGCTGGTATGGCTATTGGAATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAGgtttgttcct ... attctctcagGGCAAATGCTCAGCA
EST: gi|124930332|gb|EL007792.1|EL007792
EST:     TTGGTGATGCGGGTGTTAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
genomic: TTGGTGATGCGGGTGTTAGgtttgttcct ... attctctcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
EST: gi|125271664|gb|EL285749.1|EL285749
EST:     GGACTCTCAGCTGGTATGGCTATTGGAATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGG
genomic: GGACTCTCAGCTGGTATGGCTATTGGAATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAGgtttgttcct ... attctctcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGG
EST: gi|125305711|gb|EL319796.1|EL319796
EST:     TATGGCTATTGGAATTNTTGGTGATGCGGGTGTTAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
genomic: TATGGCTATTGGAATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAGgtttgttcct ... attctctcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
EST: gi|86019206|gb|DR314952.1|DR314952
EST:     GGACTCTCAGCTGGTATGGCTATTGGAATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTG
genomic: GGACTCTCAGCTGGTATGGCTATTGGAATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAGgtttgttcct ... attctctcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTG
EST: gi|124946593|gb|EL022501.1|EL022501
EST:     GGACTCTCAGCTGGTATGGCTATTGGAATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAG
genomic: GGACTCTCAGCTGGTATGGCTATTGGAATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAGgtttgttcct ... attctctcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAG
EST: gi|125227888|gb|EL241973.1|EL241973
EST:     AATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
genomic: AATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAGgtttgttcct ... attctctcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
EST: gi|86019205|gb|DR314951.1|DR314951
EST:     GGACTCTCAGCTGGTATGGCTATTGGAATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
genomic: GGACTCTCAGCTGGTATGGCTATTGGAATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAGgtttgttcct ... attctctcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
EST: gi|124862660|gb|EH947097.1|EH947097
EST:     AATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
genomic: AATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAGgtttgttcct ... attctctcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTAT
EST: gi|86019204|gb|DR314950.1|DR314950
EST:     GGACTCTCAGCTGGTATGGCTATTGGAATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAG                         GGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTA
genomic: GGACTCTCAGCTGGTATGGCTATTGGAATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAGgtttgttcct ... attctctcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaaacgttaacgtcatctgtatcttgacttgtttttggttttgcgattctctcagGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTATTTGTTGGGATGATTCTTATCCTTATCTTTGCGGAAGCGCTCGCTCTATACGGCCTAATTGTAGGCATCATTTTA
                     tcttgac  putative branch site (score: 3)
                                              ttctctc  putative PPT
                            ttgttttt  TA-rich tract