1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...ttctgaaatctaaataaaatctgatgacaaaaaaaaaaaaaaaacatttttgagtttggatgaaattttctgaatgtgatgagatgtttatggaaagcagGGAAAAAAGCAGCAGTGTATCTAATGAAGTCAGATTGTGAAGATGTAGTTGGTAAAGTGAGTGGAAGTGGAAGTGGTGGTGGTGGTTTGCCATTGGCTCC
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT2G07180.2 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTTTCTCAACAACAAAACTATCCTAAGAAAACAACTCCAG GGAAAAAAGCAGCAGTGTATCTAATGAAGTCAGATTGTGAAGATGTAGTTGEST: gi|125159452|gb|EL187533.1|EL187533
genomic: TTTTCTCAACAACAAAACTATCCTAAGAAAACAACTCCAGgtctcaatca ... tggaaagcagGGAAAAAAGCAGCAGTGTATCTAATGAAGTCAGATTGTGAAGATGTAGTTG
EST: CCAATTTTCTCAACAACAAAACTATCCTAAGAAAACAACTCCAG GGAAAAAAGCAGCAGTGTATCTAATGAAGTCAGATTGTGAAGATGTAGTTG
genomic: CCAATTTTCTCAACAACAAAACTATCCTAAGAAAACAACTCCAGgtctcaatca ... tggaaagcagGGAAAAAAGCAGCAGTGTATCTAATGAAGTCAGATTGTGAAGATGTAGTTG
atttttgagtttggatgaaattttctgaatgtgatgagatgtttatggaaagcagGGAAAAAAGCAGCAGTGTATCTAATGAAGTCAGATTGTGAAGATGTAGTTGGTAAAGTGAGTGGAAGTGGAAGTGGTGGTGGTGGTTTGCCATTGGCTCC
atgaaatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttctgaaatctaaataaaatctgatgacaaaaaaaaaaaaaaaacatttttgagtttggatgaaattttctgaatgtgatgagatgtttatggaaagcagGGAAAAAAGCAGCAGTGTATCTAATGAAGTCAGATTGTGAAGATGTAGTTGGTAAAGTGAGTGGAAGTGGAAGTGGTGGTGGTGGTTTGCCATTGGCTCC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG