1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtaattggtgcatatctacgcttaagtaaatgtcgttattttcatgtacttgtaagcaactcgagaacttttatactctagattatctgactagtcatattgtgatttattttttgttctcttagGTTCATGAGAGCTTCCCTTTCTCAATTTCTCTCGCTTGGAAAGGAGCAGCTTCTGAAGCTCAAAATGGAGGAGCTGAGAATCAGCAGAGCACCATTGTTT
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G79930.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCTTGCAGTGTGCCATTCTCAGTCCGACCTTTAAAGTTCGCGAATTCCAG GTTCATGAGAGCTTCCCTTTCTCAATTTCTCTCGCTTGGAAAGGAGCAGCTEST: gi|301501404|gb|HO206944.1|HO206944
genomic: CCTTGCAGTGTGCCATTCTCAGTCCGACCTTTAAAGTTCGCGAATTCCAGgtaattggtg ... gttctcttagGTTCATGAGAGCTTCCCTTTCTCAATTTCTCTCGCTTGGAAAGGAGCAGCT
EST: CCTTGCAGTGTGCCATTCTCAGTCCGACCTTTAAAGTTCGCGAATTCCAG GTTCATGAGAGCTTCCCTTTCTCAATTTCTCTCGCTTGGAAAGGAGCAGCTEST: gi|47829158|gb|CK118842.1|CK118842
genomic: CCTTGCAGTGTGCCATTCTCAGTCCGACCTTTAAAGTTCGCGAATTCCAGgtaattggtg ... gttctcttagGTTCATGAGAGCTTCCCTTTCTCAATTTCTCTCGCTTGGAAAGGAGCAGCT
EST: CCTTGCAGTGTGCCATTCTCAGTCCGACCTTTAAAGTTCGCGAATTCCAG GTTCATGAGAGCTTCCCTTTCTCAATTTCTCTCGCTTGGAAAGGAGCAGCT
genomic: CCTTGCAGTGTGCCATTCTCAGTCCGACCTTTAAAGTTCGCGAATTCCAGgtaattggtg ... gttctcttagGTTCATGAGAGCTTCCCTTTCTCAATTTCTCTCGCTTGGAAAGGAGCAGCT
ttatactctagattatctgactagtcatattgtgatttattttttgttctcttagGTTCATGAGAGCTTCCCTTTCTCAATTTCTCTCGCTTGGAAAGGAGCAGCTTCTGAAGCTCAAAATGGAGGAGCTGAGAATCAGCAGAGCACCATTGTTT
atctgac putative branch site (score: 3)
tttattttttgttctc putative PPT
atattgtgatttattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaattggtgcatatctacgcttaagtaaatgtcgttattttcatgtacttgtaagcaactcgagaacttttatactctagattatctgactagtcatattgtgatttattttttgttctcttagGTTCATGAGAGCTTCCCTTTCTCAATTTCTCTCGCTTGGAAAGGAGCAGCTTCTGAAGCTCAAAATGGAGGAGCTGAGAATCAGCAGAGCACCATTGTTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA