1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gttagttaatattaaaaccttaatagtatgatcctttcttcatgtcatctctttccactcatttgtgtttttgatgttgatttatcttctttgttgtgtaatcagTTTGGATGATCCAGTAATGTGGGGGGCATTTAAGGGTCTCCTTTCCTTAGATCCAGAATTGGCTCGGTGGGTTCTTGCTGCAGAGGATATATGTTTCAGG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G78690.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCAAGACCACCTGGTGTTCCTCTCATCACTGTTAGTAATCACATGTCGAC TTTGGATGATCCAGTAATGTGGGGGGCATTTAAGGGTCTCCTTTCCTTAGA
genomic: TCAAGACCACCTGGTGTTCCTCTCATCACTGTTAGTAATCACATGTCGACgttagttaat ... gtgtaatcagTTTGGATGATCCAGTAATGTGGGGGGCATTTAAGGGTCTCCTTTCCTTAGA
ctttccactcatttgtgtttttgatgttgatttatcttctttgttgtgtaatcagTTTGGATGATCCAGTAATGTGGGGGGCATTTAAGGGTCTCCTTTCCTTAGATCCAGAATTGGCTCGGTGGGTTCTTGCTGCAGAGGATATATGTTTCAGG
tgttgat putative branch site (score: 4)
ttgatttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttagttaatattaaaaccttaatagtatgatcctttcttcatgtcatctctttccactcatttgtgtttttgatgttgatttatcttctttgttgtgtaatcagTTTGGATGATCCAGTAATGTGGGGGGCATTTAAGGGTCTCCTTTCCTTAGATCCAGAATTGGCTCGGTGGGTTCTTGCTGCAGAGGATATATGTTTCAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT