1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gtaagttagtggggattagtagagtttccttgtttggtttgatttagttcttttagtttttcaaagttggtgtctttttgggtgtttttgaatgttgtagTTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTAGGCAACTACGATGTGTCCATAACAATCCTCAAGGAGGGCATTTACCAGA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G75380.3 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTG TTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGEST: gi|125127251|gb|EL172194.1|EL172194
genomic: TTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTGgtaagttagt ... aatgttgtagTTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAG
EST: TGTAGTGGAAGCTG TTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTAEST: gi|86040893|gb|DR336648.1|DR336648
genomic: TGTAGTGGAAGCTGgtaagttagt ... aatgttgtagTTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTA
EST: TTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTG TTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGNGAAGATGAGGGATGGTAEST: gi|86040903|gb|DR336658.1|DR336658
genomic: TTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTGgtaagttagt ... aatgttgtagTTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTA
EST: TTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTG TTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTAEST: gi|124838997|gb|EH923436.1|EH923436
genomic: TTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTGgtaagttagt ... aatgttgtagTTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTA
EST: AAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTG TTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTAGAAGATGAGGGATGGTEST: gi|86040912|gb|DR336667.1|DR336667
genomic: AAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTGgtaagttagt ... aatgttgtagTTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGT-GAAGATGAGGGATGGT
EST: TTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTG TTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTAEST: gi|47829045|gb|CK118729.1|CK118729
genomic: TTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTGgtaagttagt ... aatgttgtagTTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTA
EST: TTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTG TTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTAEST: gi|125066501|gb|EL133352.1|EL133352
genomic: TTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTGgtaagttagt ... aatgttgtagTTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTA
EST: TGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTG TTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGEST: gi|86040905|gb|DR336660.1|DR336660
genomic: TGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTGgtaagttagt ... aatgttgtagTTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTG
EST: TTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTG TTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTAEST: gi|124967470|gb|EL041503.1|EL041503
genomic: TTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTGgtaagttagt ... aatgttgtagTTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTA
EST: GTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTG TTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTAEST: gi|86040911|gb|DR336666.1|DR336666
genomic: GTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTGgtaagttagt ... aatgttgtagTTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTA
EST: TTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTG TTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTA
genomic: TTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTGgtaagttagt ... aatgttgtagTTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTA
agttcttttagtttttcaaagttggtgtctttttgggtgtttttgaatgttgtagTTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTAGGCAACTACGATGTGTCCATAACAATCCTCAAGGAGGGCATTTACCAGA
ttttagtttttcaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagttagtggggattagtagagtttccttgtttggtttgatttagttcttttagtttttcaaagttggtgtctttttgggtgtttttgaatgttgtagTTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTAGGCAACTACGATGTGTCCATAACAATCCTCAAGGAGGGCATTTACCAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG