Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequencegtacgtaagcagaggaaacaagtttatagctcttgtatattttattacaacttgtgaaaatgttaattttctttatatttttgcagTTAGATGAATGGGTACTGTGTAGGATATACAAGAAGAGAGGAGCAAGTAAGCTTCTGAATGAGCAAGAGGGTTTCATGGACGAAGTACTAATGGAGGATG
Basic information
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G69490.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Mapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|47830767|gb|CK120451.1|CK120451EST: GTCTCCATGATTCACGTAAAGCATCAACGAAACGTAACGGTTCCATGAGG TTAGATGAATGGGTACTGTGTAGGATATACAAGAAGAGAGGAGCAAGTAAG
genomic: GTCTCCATGATTCACGTAAAGCATCAACGAAACGTAACGGTTCCATGAGGgtacgtaagc ... atttttgcagTTAGATGAATGGGTACTGTGTAGGATATACAAGAAGAGAGGAGCAAGTAAG
EST:
gi|116411169|gb|EG453761.1|EG453761EST: GTCTCCATGATTCACGTAAAGCATCAACGAAACGTAACGGTTCCATGATG TTAGATGAATGGGTACTGTGTAGGATATACAAGAAGAGAGGAGCAAGTAAG
genomic: GTCTCCATGATTCACGTAAAGCATCAACGAAACGTAACGGTTCCATGAGGgtacgtaagc ... atttttgcagTTAGATGAATGGGTACTGTGTAGGATATACAAGAAGAGAGGAGCAAGTAAG
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.cttgtatattttattacaacttgtgaaaatgttaattttctttatatttttgcagTTAGATGAATGGGTACTGTGTAGGATATACAAGAAGAGAGGAGCAAGTAAGCTTCTGAATGAGCAAGAGGGTTTCATGGACGAAGTACTAATGGAGGATG
tgttaat putative branch site (score: 3)
ttttctttatattttt CT-rich tract
atattttattacaact TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gtacgtaagcagaggaaacaagtttatagctcttgtatattttattacaacttgtgaaaatgttaattttctttatatttttgcagTTAGATGAATGGGTACTGTGTAGGATATACAAGAAGAGAGGAGCAAGTAAGCTTCTGAATGAGCAAGAGGGTTTCATGGACGAAGTACTAATGGAGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG