Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcaaattccactgtgaatgaatctctactctgggatattctttgtacaagtaaagaagttgtatatggcaatgcagAACTCCATTGTCCTTGGTAGCTGGCTTGATGTGGCTTGGTGTCAAAGATGAGATGTATGTTATGCGGCATTTCTGTGAAAACTCTGATGATTTAAGTACA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G67490.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19878975|gb|AU239806.1|AU239806
EST:     TTATACTGGGGAACTTATCGTCCTCATGTTTATTTTGGAGTTCGAGCTAG                         AACTCCATTGTCCTTGGTAGCTGGCTTGATGTGGCTTGGTGTCAAAGATGA
genomic: TTATACTGGGGAACTTATCGTCCTCATGTTTATTTTGGAGTTCGAGCTAGgtatgcaaat ... ggcaatgcagAACTCCATTGTCCTTGGTAGCTGGCTTGATGTGGCTTGGTGTCAAAGATGA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctctactctgggatattctttgtacaagtaaagaagttgtatatggcaatgcagAACTCCATTGTCCTTGGTAGCTGGCTTGATGTGGCTTGGTGTCAAAGATGAGATGTATGTTATGCGGCATTTCTGTGAAAACTCTGATGATTTAAGTACA
             atattcttt  TA-rich tract