1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtaagtcctaagatctttagtttcattactcgtttttgatgagattttttttgtatttgctaatcttattgtttgtttgggtgcagTCTCGATGGACAGGATGAGTTCTTCACCTCATATGATGAGGTCCATGAGAGCTTTGATGCCATGGGTTTGCAAGAGAATCTTCTTAGGGGTATCTATGCT
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G54270.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CACAATTTGATACGCGTCAGTTTGACCAGAGGCTGAATGAAGT TCTCGATGGACAGGATGAGTTCTTCACCTCATATGATGAGGTCCATGEST: gi|125249475|gb|EL263560.1|EL263560
genomic: CACAATTTGATACGCGTCAGTTTGACCAGAGGCTGAATGAAGTgtaagtccta ... ttgggtgcagTCTCGATGGACAGGATGAGTTCTTCACCTCATATGATGAGGTCCATG
EST: AGGCTGAATGAAGT TCTCGATGGACAGGATGAGTTCTTCACCTCATATGATGAGGTCCATGAGAGEST: gi|125053979|gb|EL124874.1|EL124874
genomic: AGGCTGAATGAAGTgtaagtccta ... ttgggtgcagTCTCGATGGACAGGATGAGTTCTTCACCTCATATGATGAGGTCCATGAGAG
EST: TTTGACCAGAGGCTGAATGAAGT TCTCGATGGACAGGATGAGTTCTTCACCTCATATGATGAGGTCCATGAGAGEST: gi|124818559|gb|EH903425.1|EH903425
genomic: TTTGACCAGAGGCTGAATGAAGTgtaagtccta ... ttgggtgcagTCTCGATGGACAGGATGAGTTCTTCACCTCATATGATGAGGTCCATGAGAG
EST: ACCAGAGGCTGAATGAAGT TCTCGATGGACAGGATGAGTTCTTCACCTCATATGATGAGGTCCAATGAGAEST: gi|164107226|gb|ES021372.1|ES021372
genomic: ACCAGAGGCTGAATGAAGTgtaagtccta ... ttgggtgcagTCTCGATGGACAGGATGAGTTCTTCACCTCATATGATGAGGTCCA-TGAGA
EST: GTTTGACCAGAGGCTGAATGAAGT TCTCGATGGACAGGATGAGTTCTTCACCTCATATGATGAGGTCCATGAGAGEST: gi|125121092|gb|EL168475.1|EL168475
genomic: GTTTGACCAGAGGCTGAATGAAGTgtaagtccta ... ttgggtgcagTCTCGATGGACAGGATGAGTTCTTCACCTCATATGATGAGGTCCATGAGAG
EST: GAAGGAACACAATTTGATACGCGTCAGTTTGACCAGAGGCTGAATGAAGT TCTCGATGGACAGGATGAGTTCTTCACCTCAEST: gi|124954657|gb|EL029736.1|EL029736
genomic: GAAGGAACACAATTTGATACGCGTCAGTTTGACCAGAGGCTGAATGAAGTgtaagtccta ... ttgggtgcagTCTCGATGGACAGGATGAGTTCTTCACCTCA
EST: GAAGGAACACAATTTGATACGCGTCAGTTTGACCAGAGGCTGAATGAAGT TCTCGATGGACAGGATGAG
genomic: GAAGGAACACAATTTGATACGCGTCAGTTTGACCAGAGGCTGAATGAAGTgtaagtccta ... ttgggtgcagTCTCGATGGACAGGATGAG
gtttttgatgagattttttttgtatttgctaatcttattgtttgtttgggtgcagTCTCGATGGACAGGATGAGTTCTTCACCTCATATGATGAGGTCCATGAGAGCTTTGATGCCATGGGTTTGCAAGAGAATCTTCTTAGGGGTATCTATGCT
tgctaat putative branch site (score: 2)
tttgttt putative PPT
attttttttgtatttg TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtcctaagatctttagtttcattactcgtttttgatgagattttttttgtatttgctaatcttattgtttgtttgggtgcagTCTCGATGGACAGGATGAGTTCTTCACCTCATATGATGAGGTCCATGAGAGCTTTGATGCCATGGGTTTGCAAGAGAATCTTCTTAGGGGTATCTATGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA