1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
21 5' 3' | 22 5' 3' | 23 5' 3' | 24 5' 3' | 25 5' 3' | 26 5' 3' | 27 5' 3' | 28 5' 3' | 29 5' 3' | 30 5' 3' | 31 5' 3' |
gtgattagtgcaactttttggaaaatacttatgttttgttattcgtcattcatatatgtatataaatgatatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCATCTGAGAACCCTGAATTACCTGATGCTTTAAAGGAGAAAGGAATTATAT
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G36180.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCAEST: gi|116441767|gb|EG484359.1|EG484359
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
EST: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCAEST: gi|116441764|gb|EG484356.1|EG484356
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
EST: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCAEST: gi|116441666|gb|EG484258.1|EG484258
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
EST: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGAEST: gi|116441654|gb|EG484246.1|EG484246
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGA
EST: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGAEST: gi|116474806|gb|EG517398.1|EG517398
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGA
EST: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCAEST: gi|116441747|gb|EG484339.1|EG484339
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
EST: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCAEST: gi|116441650|gb|EG484242.1|EG484242
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
EST: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGAEST: gi|116441648|gb|EG484240.1|EG484240
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGA
EST: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGEST: gi|116441645|gb|EG484237.1|EG484237
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGG
EST: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGAEST: gi|116441769|gb|EG484361.1|EG484361
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGA
EST: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCAEST: gi|116441758|gb|EG484350.1|EG484350
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
EST: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGTTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCAEST: gi|116441657|gb|EG484249.1|EG484249
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
EST: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG ATGGCTGAGGTCACGCGTEST: gi|116441768|gb|EG484360.1|EG484360
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGT
EST: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCAEST: gi|116441667|gb|EG484259.1|EG484259
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
EST: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGEST: gi|116441659|gb|EG484251.1|EG484251
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGG
EST: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG ATGGCTGAGGTCACGCGEST: gi|116441653|gb|EG484245.1|EG484245
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCG
EST: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGEST: gi|116441647|gb|EG484239.1|EG484239
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGG
EST: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGAEST: gi|116441651|gb|EG484243.1|EG484243
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGA
EST: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGEST: gi|116441655|gb|EG484247.1|EG484247
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGG
EST: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGEST: gi|116441665|gb|EG484257.1|EG484257
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGG
EST: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG ATGGCTGAGGTCACGCGEST: gi|116441765|gb|EG484357.1|EG484357
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCG
EST: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGTTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTGGGGGTCATGCAEST: gi|116441656|gb|EG484248.1|EG484248
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
EST: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG ATGGCTGAGGTCACGCGTCTGGAEST: gi|116441766|gb|EG484358.1|EG484358
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGA
EST: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCAEST: gi|116441661|gb|EG484253.1|EG484253
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
EST: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGEST: gi|116441757|gb|EG484349.1|EG484349
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGG
EST: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCAEST: gi|116441646|gb|EG484238.1|EG484238
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
EST: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGG
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGG
aatacttatgttttgttattcgtcattcatatatgtatataaatgatatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCATCTGAGAACCCTGAATTACCTGATGCTTTAAAGGAGAAAGGAATTATAT
tcattcatatatgtat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgattagtgcaactttttggaaaatacttatgttttgttattcgtcattcatatatgtatataaatgatatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCATCTGAGAACCCTGAATTACCTGATGCTTTAAAGGAGAAAGGAATTATAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA