Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagatatatttctaattaagccaaaattccacagatttttgtttcaatgcttataagaaagttattgaggctatgttttacttaacagGTCGCTACTAAGTTCCCTACAAATGCTCTTGTGCATCGCCCTACATTGCTCAAGTACATTGTTAACTCTAAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G25350.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G25350.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv15s0021g01230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
gtgagatatatttctaattaagccaa---aattccacagatttttgtttcaatgcttataagaaagttat-tgaggct-----atgttt--tacttaacagGTCGCTACTAAGTTCCCTACAAATGCTCTTGTGCATCGCCCTACATTGCTCAAGTACATTGTTAACTCTAAG
 |||    ||| | | |  |||  |    |  |   || ||  ||||      |   |  ||| | | || |||   |     ||| |   |   | |||||| ||||| ||||||||  ||||||| |||||||||||||| ||||| ||  | || |||||    || |||
-tgaagcttatctttgaggaagatattccatataagcaaatcattgtggttgagacaaacagacattaatctgacagtggtgcatgctcaatgtgtgacagGTTGCTACAAAGTTCCCAGCAAATGCCCTTGTGCATCGCCCAACATTACTGCAATATATTGTCTCATCGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86057940|gb|DR353697.1|DR353697
EST:     CTGCTGTTACTGATGGGTGCGATCGAAATACTGGCAATCTGTTATACTCG                         GTCGCTACTAAGTTCCCTACAAATGCTCTTGTGCATCGCCCTACATTGCTC
genomic: CTGCTGTTACTGATGGGTGCGATCGAAATACTGGCAATCTGTTATACTCGgtgagatata ... tacttaacagGTCGCTACTAAGTTCCCTACAAATGCTCTTGTGCATCGCCCTACATTGCTC
EST: gi|125071811|gb|EL136726.1|EL136726
EST:     CTGGCAATCTGTTATACTCG                         GTCGCTACTAAGTTCCCTACAAATGCTCTTGTGCATCGCCCTACATTGCTC
genomic: CTGGCAATCTGTTATACTCGgtgagatata ... tacttaacagGTCGCTACTAAGTTCCCTACAAATGCTCTTGTGCATCGCCCTACATTGCTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gatttttgtttcaatgcttataagaaagttattgaggctatgttttacttaacagGTCGCTACTAAGTTCCCTACAAATGCTCTTGTGCATCGCCCTACATTGCTCAAGTACATTGTTAACTCTAAG
                                          ttttactt  CT-rich tract
                 ttataagaaagttatt  TA-rich tract