Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatcctggttaaatctgtatttataccattagttctctctattcttcttgtgttttgattctaatcatcgatgttctcttgttggttttgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGAGGCAACTTCGATGTGTCCACAATAATCCTCAAGGAGGGAATCTTCCAAA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G19660.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86052203|gb|DR347960.1|DR347960
EST:     TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG                         TTGAGGTAAAW-GTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: gi|86052205|gb|DR347962.1|DR347962
EST:     TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG                         TTGAGGTAAAAWGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: gi|116471465|gb|EG514057.1|EG514057
EST:     TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG                         TTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: gi|86052184|gb|DR347941.1|DR347941
EST:     TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGA-GCTG                         TTGAGGTAAAANGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: gi|86052189|gb|DR347946.1|DR347946
EST:     TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG                         TTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: gi|86052191|gb|DR347948.1|DR347948
EST:     TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG                         TTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCA
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCA
EST: gi|86052206|gb|DR347963.1|DR347963
EST:     TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG                         TTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: gi|86052192|gb|DR347949.1|DR347949
EST:     TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG                         TTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: gi|86052190|gb|DR347947.1|DR347947
EST:     TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGA-GCTG                         TTGAGGTAAAAWGTGGRCCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: gi|86052204|gb|DR347961.1|DR347961
EST:     TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG                         TTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: gi|86052200|gb|DR347957.1|DR347957
EST:     TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG                         TTGAGGTAAAAWGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGG
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGG
EST: gi|86052201|gb|DR347958.1|DR347958
EST:     TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG                         TTGAGGTAAAAWGTGGACSAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: gi|86052186|gb|DR347943.1|DR347943
EST:     TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG                         TTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: gi|86052195|gb|DR347952.1|DR347952
EST:     TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG                         TTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: gi|86052193|gb|DR347950.1|DR347950
EST:     TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG                         TTGAGGTAAAA
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAA
EST: gi|86052207|gb|DR347964.1|DR347964
EST:     TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG                         TTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: gi|86052202|gb|DR347959.1|DR347959
EST:     TTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAAGCTG                         TTGAGGTAAATWGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGA-GATGAAGGATG
genomic: TTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAA-GCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATG
EST: gi|86052208|gb|DR347965.1|DR347965
EST:     TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG                         TTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: gi|86052197|gb|DR347954.1|DR347954
EST:     TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATNGGAAGCTG                         TTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: gi|86052194|gb|DR347951.1|DR347951
EST:     TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG                         TTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAA
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAA
EST: gi|125015928|gb|EL088197.1|EL088197
EST:     TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG                         TTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGG
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttcttgtgttttgattctaatcatcgatgttctcttgttggttttgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGAGGCAACTTCGATGTGTCCACAATAATCCTCAAGGAGGGAATCTTCCAAA
               ttctaat  putative branch site (score: 2)
                                          ttttgtatataa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaatcctggttaaatctgtatttataccattagttctctctattcttcttgtgttttgattctaatcatcgatgttctcttgttggttttgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGAGGCAACTTCGATGTGTCCACAATAATCCTCAAGGAGGGAATCTTCCAAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAG