1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' |
...caaacatggtataagtaattcctatttgctattgtgctatgtgtggtctcttctttaagtttgagttagtaacttttggctttgtgtttttgtttcgcagATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTAT
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G13560.2 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCCACCAAACATG ATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTAEST: gi|86070077|gb|DR365834.1|DR365834
genomic: TTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCC-GTAAGTGTGgtatctcttt ... tgtttcgcagATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTA
EST: TTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCCACCAAACATG ATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTAEST: gi|86070082|gb|DR365839.1|DR365839
genomic: TTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCC-GTAAGTGTGgtatctcttt ... tgtttcgcagATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTA
EST: TTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCCACCAAACATG ATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTAEST: gi|86070083|gb|DR365840.1|DR365840
genomic: TTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCCGT-AAGTGTGgtatctcttt ... tgtttcgcagATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTA
EST: TTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCCACCAAACATG ATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGNTAEST: gi|86070078|gb|DR365835.1|DR365835
genomic: TTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCCGT-AAGTGTGgtatctcttt ... tgtttcgcagATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTA
EST: TTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCCACCAAACATG ATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTAEST: gi|152034149|gb|BP868711.2|BP868711
genomic: TTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCCGT-AAGTGTGgtatctcttt ... tgtttcgcagATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTA
EST: TTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCC-TCTATGGATGCCACCAAACATG ATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTA
genomic: TTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCCGT-AAGTGTGgtatctcttt ... tgtttcgcagATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTA
gtctcttctttaagtttgagttagtaacttttggctttgtgtttttgtttcgcagATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTAT
tagtaac putative branch site (score: 1)
tttttgtttc putative PPT
tttaagttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| caaacatggtataagtaattcctatttgctattgtgctatgtgtggtctcttctttaagtttgagttagtaacttttggctttgtgtttttgtttcgcagATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTAT
caaacat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agtttga