Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtgtggtatctctttcatactgtttcgttgcatgtataataacttttacttgctgaggctaatcagactgatgtttttttaactctgtttgtcttttcatgtttctctttggaccattccagACCAAACATG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G13560.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86070079|gb|DR365836.1|DR365836
EST:     CTCCAACCTTTTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCC                         ACCAAACATG
genomic: CTCCAACCTTTTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCCgtaagtgtgg ... accattccagACCAAACATG
EST: gi|125216172|gb|EL230255.1|EL230255
EST:     CTCCAACCTTTTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCC                         ACCAAACATG
genomic: CTCCAACCTTTTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCCgtaagtgtgg ... accattccagACCAAACATG
EST: gi|86070083|gb|DR365840.1|DR365840
EST:     CTCCAACCTTTTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCC                         ACCAAACATG
genomic: CTCCAACCTTTTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCCgtaagtgtgg ... accattccagACCAAACATG
EST: gi|86070078|gb|DR365835.1|DR365835
EST:     CTCCAACCTTTTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCC                         ACCAAACATG
genomic: CTCCAACCTTTTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCCgtaagtgtgg ... accattccagACCAAACATG
EST: gi|152034149|gb|BP868711.2|BP868711
EST:     CTCCAACCTTTTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCC-TCTATGGATGCC                         ACCAAACATG
genomic: CTCCAACCTTTTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCCgtaagtgtgg ... accattccagACCAAACATG
EST: gi|86070080|gb|DR365837.1|DR365837
EST:     CTCCAACCTTTTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCC                         ACCAAACATG
genomic: CTCCAACCTTTTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCCgtaagtgtgg ... accattccagACCAAACATG
EST: gi|86070077|gb|DR365834.1|DR365834
EST:     CTCCAACCTTTTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCC                         ACCAAACATG
genomic: CTCCAACCTTTTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCCgtaagtgtgg ... accattccagACCAAACATG
EST: gi|86070082|gb|DR365839.1|DR365839
EST:     CTCCAACCTTTTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCC                         ACCAAACATG
genomic: CTCCAACCTTTTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCCgtaagtgtgg ... accattccagACCAAACATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgatgtttttttaactctgtttgtcttttcatgtttctctttggaccattccagACCAAACATG
         ttttaac  putative branch site (score: 2)
                                              ccattcc  putative PPT
      tttttttaact  TA-rich tract