Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaggttccttctagattctgtcatgtctcattttccctacattaactctctctctctgtgtggatatttcttgatttgttgtatttgcctctgtttgtttcagGTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATATCGATGAGTGCACGGATTATCCCAGATGAATTCAAAGGGCGAGAAATCCACCATT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G11200.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|301503228|gb|HO208768.1|HO208768
EST:     AACCTTTCTTCATGTTTCTAGACGCCGTTAAGGAATGCTATGAGGCACTT                         GTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATATCGATG
genomic: AACCTTTCTTCATGTTTCTAGACGCCGTTAAGGAATGCTATGAGGCACTTgtaggttcct ... tttgtttcagGTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATATCGATG
EST: gi|86050921|gb|DR346676.1|DR346676
EST:     AACCTTTCTTCATGTTTCTAGACGCCGTTAAGGAATGCTATGAGGCACTT                         GTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATATCGATG
genomic: AACCTTTCTTCATGTTTCTAGACGCCGTTAAGGAATGCTATGAGGCACTTgtaggttcct ... tttgtttcagGTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATATCGATG
EST: gi|86050920|gb|DR346675.1|DR346675
EST:     AACCTTTCTTCATGTYTCTAGACGCCGTTNAGGAAYGCTATGAGGCACTT                         GTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATATCGATY
genomic: AACCTTTCTTCATGTTTCTAGACGCCGTTAAGGAATGCTATGAGGCACTTgtaggttcct ... tttgtttcagGTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATATCGATG
EST: gi|125239400|gb|EL253485.1|EL253485
EST:     CCGTTAAGGAATGCTATGAGGCACTT                         GTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATATCGATG
genomic: CCGTTAAGGAATGCTATGAGGCACTTgtaggttcct ... tttgtttcagGTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATATCGATG
EST: gi|86050919|gb|DR346674.1|DR346674
EST:     AACCTTTCTTCATGTTTCTAGACGCCGTTAAGGAATGCTATGAGGCACTT                         GTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATMTCGATG
genomic: AACCTTTCTTCATGTTTCTAGACGCCGTTAAGGAATGCTATGAGGCACTTgtaggttcct ... tttgtttcagGTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATATCGATG
EST: gi|86050922|gb|DR346677.1|DR346677
EST:     AACCTTTCTTCATGTTTCTAGACGCCGTTNAGGAATGCTATGAGGCACTT                         GTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATATCGATG
genomic: AACCTTTCTTCATGTTTCTAGACGCCGTTAAGGAATGCTATGAGGCACTTgtaggttcct ... tttgtttcagGTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATATCGATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctctctctgtgtggatatttcttgatttgttgtatttgcctctgtttgtttcagGTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATATCGATGAGTGCACGGATTATCCCAGATGAATTCAAAGGGCGAGAAATCCACCATT
                    tcttgat  putative branch site (score: 4)
 cctctgtttgtttc  putative PPT
 atatttcttgattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaggttccttctagattctgtcatgtctcattttccctacattaactctctctctctgtgtggatatttcttgatttgttgtatttgcctctgtttgtttcagGTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATATCGATGAGTGCACGGATTATCCCAGATGAATTCAAAGGGCGAGAAATCCACCATT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG