1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtaggttccttctagattctgtcatgtctcattttccctacattaactctctctctctgtgtggatatttcttgatttgttgtatttgcctctgtttgtttcagGTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATATCGATGAGTGCACGGATTATCCCAGATGAATTCAAAGGGCGAGAAATCCACCATT
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G11200.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AACCTTTCTTCATGTTTCTAGACGCCGTTAAGGAATGCTATGAGGCACTT GTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATATCGATGEST: gi|86050921|gb|DR346676.1|DR346676
genomic: AACCTTTCTTCATGTTTCTAGACGCCGTTAAGGAATGCTATGAGGCACTTgtaggttcct ... tttgtttcagGTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATATCGATG
EST: AACCTTTCTTCATGTTTCTAGACGCCGTTAAGGAATGCTATGAGGCACTT GTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATATCGATGEST: gi|86050920|gb|DR346675.1|DR346675
genomic: AACCTTTCTTCATGTTTCTAGACGCCGTTAAGGAATGCTATGAGGCACTTgtaggttcct ... tttgtttcagGTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATATCGATG
EST: AACCTTTCTTCATGTYTCTAGACGCCGTTNAGGAAYGCTATGAGGCACTT GTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATATCGATYEST: gi|125239400|gb|EL253485.1|EL253485
genomic: AACCTTTCTTCATGTTTCTAGACGCCGTTAAGGAATGCTATGAGGCACTTgtaggttcct ... tttgtttcagGTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATATCGATG
EST: CCGTTAAGGAATGCTATGAGGCACTT GTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATATCGATGEST: gi|86050919|gb|DR346674.1|DR346674
genomic: CCGTTAAGGAATGCTATGAGGCACTTgtaggttcct ... tttgtttcagGTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATATCGATG
EST: AACCTTTCTTCATGTTTCTAGACGCCGTTAAGGAATGCTATGAGGCACTT GTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATMTCGATGEST: gi|86050922|gb|DR346677.1|DR346677
genomic: AACCTTTCTTCATGTTTCTAGACGCCGTTAAGGAATGCTATGAGGCACTTgtaggttcct ... tttgtttcagGTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATATCGATG
EST: AACCTTTCTTCATGTTTCTAGACGCCGTTNAGGAATGCTATGAGGCACTT GTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATATCGATG
genomic: AACCTTTCTTCATGTTTCTAGACGCCGTTAAGGAATGCTATGAGGCACTTgtaggttcct ... tttgtttcagGTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATATCGATG
tctctctctgtgtggatatttcttgatttgttgtatttgcctctgtttgtttcagGTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATATCGATGAGTGCACGGATTATCCCAGATGAATTCAAAGGGCGAGAAATCCACCATT
tcttgat putative branch site (score: 4)
cctctgtttgtttc putative PPT
atatttcttgattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaggttccttctagattctgtcatgtctcattttccctacattaactctctctctctgtgtggatatttcttgatttgttgtatttgcctctgtttgtttcagGTCATTGCTAAATTCTTGGCTTTGATGTATAGTTATGTAAACATATCGATGAGTGCACGGATTATCCCAGATGAATTCAAAGGGCGAGAAATCCACCATT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG