1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtaagttagttactacatatcgtaataattactatgattaattggtggtccatttttagttttagttttcacgcattgtgtttctagcattgcaattccctctttatccaaaacagactctatgcttatctcatgtttcttaagcttataatatcatattaatggcagATGTTCTGAGAAAAGAGTTAGCGCAGTTGCTATAAGTAGTGATGACTCACATGTTTGCTATGCGGACAAGTTTGGTGTTGTATGGGTGATTGAGCTGGAT
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G03110.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTCCGCAGATTCTTGGCGCTGTCTTAACACAGT ATGTTCTGAGAAAAGAGTTAGCGCAGTTGCTATAAGTAGTGATGACTCACAEST: gi|86057286|gb|DR353043.1|DR353043
genomic: GTCCGCAGATTCTTGGCGCTGTCTTAACACAGTgtaagttagt ... ttaatggcagATGTTCTGAGAAAAGAGTTAGCGCAGTTGCTATAAGTAGTGATGACTCACA
EST: AAGCTTGTCAAGATTTGGTCCGCAGATTCTTGGCGCTGTCTTAACACAGT ATGTTCTGAGAAAAGAGTTAGCGCAGTTGCTATAAGTAGTGATGACTCACAEST: gi|86057289|gb|DR353046.1|DR353046
genomic: AAGCTTGTCAAGATTTGGTCCGCAGATTCTTGGCGCTGTCTTAACACAGTgtaagttagt ... ttaatggcagATGTTCTGAGAAAAGAGTTAGCGCAGTTGCTATAAGTAGTGATGACTCACA
EST: AAGCTTGTCAAGATTTGGTCCGCAGATTCTTGGCGCTGTCTTAACACAGT ATGTTCTGAGAAAAGAGTTAGCGCAGTTGCTATAAGTAGTGATGACTCACA
genomic: AAGCTTGTCAAGATTTGGTCCGCAGATTCTTGGCGCTGTCTTAACACAGTgtaagttagt ... ttaatggcagATGTTCTGAGAAAAGAGTTAGCGCAGTTGCTATAAGTAGTGATGACTCACA
cagactctatgcttatctcatgtttcttaagcttataatatcatattaatggcagATGTTCTGAGAAAAGAGTTAGCGCAGTTGCTATAAGTAGTGATGACTCACATGTTTGCTATGCGGACAAGTTTGGTGTTGTATGGGTGATTGAGCTGGAT
tattaat putative branch site (score: 2)
tttcttaagcttataa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagttagttactacatatcgtaataattactatgattaattggtggtccatttttagttttagttttcacgcattgtgtttctagcattgcaattccctctttatccaaaacagactctatgcttatctcatgtttcttaagcttataatatcatattaatggcagATGTTCTGAGAAAAGAGTTAGCGCAGTTGCTATAAGTAGTGATGACTCACATGTTTGCTATGCGGACAAGTTTGGTGTTGTATGGGTGATTGAGCTGGAT
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