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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tctgaactacttagctcttgaattggattatctgacaaagtgcatggttctctcatgttaatttgtgtgcaaattaataaaacctattgtgcaatctaagGTGATGGGTGGGCAGCCCCTTCTAACACTTATATCAGTGGATTGGTTCAAAGTTGATAGTGCTGTAGACAACATCGCCCTGCATCCAAAATGTCTTATCC

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G35180.4
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86060090|gb|DR355847.1|DR355847
EST:     GCATGGGGTTTATGATCAGGGGAAAGACCTACCTAAAAGATAATGCAAAG                         GTGATGGGTGGGCAGCCCCTTCTAACACTTATATCAGTGGATTGGTTCAAA
genomic: GCATGGGGTTTATGATCAGGGGAAAGACCTACCTAAAAGATAATGCAAAGgtagctttgg ... gcaatctaagGTGATGGGTGGGCAGCCCCTTCTAACACTTATATCAGTGGATTGGTTCAAA
EST: gi|124952952|gb|EL028182.1|EL028182
EST:     GCATGGGGTTTATGATCAGGGGAAAGACCTACCTAAAAGATAATGCAAAG                         GTGATGGGTGGGCAGCCCCTTCTAACACTTATAT
genomic: GCATGGGGTTTATGATCAGGGGAAAGACCTACCTAAAAGATAATGCAAAGgtagctttgg ... gcaatctaagGTGATGGGTGGGCAGCCCCTTCTAACACTTATAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggttctctcatgttaatttgtgtgcaaattaataaaacctattgtgcaatctaagGTGATGGGTGGGCAGCCCCTTCTAACACTTATATCAGTGGATTGGTTCAAAGTTGATAGTGCTGTAGACAACATCGCCCTGCATCCAAAATGTCTTATCC
                          aattaat  putative branch site (score: 3)
                         aaattaataaaaccta  TA-rich tract