Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaaaatatgtgttctctgatacttattctagtaagaatttttcattcggtgaagataattaagttgttttcttacagGATAATCTAATTCGTGATGACAACAAACTGATTTTGTTAGCTTCTCTCAGTGACTCGCTTGAATACGTGGCAGACTCTATTGAGAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G10380.1
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G10380.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 19
lower sequence: Vv13s0019g04770.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 17
--------gtaaaaatatgtgttctctgatactta------ttctagtaagaattt----ttcattcggtgaagataattaagttgttttct----tacagGATAATCTAATTCGTGATGACAACAAACTGATTTTGTTAGCTTCTCTCAGTGACTCGCTTGAATACGTGGCAGACTCTATTGAGAG
         || |   || |||| | | ||   |        | || | | ||| |     | |  |  ||  | |  ||    |  | |||    | ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||| | |||||||| ||||| ||  | || || || |||||||| ||||| ||
gctgagttatagatgaat-tgttttttaatgtattgaggctctttaatgaaaatgtaaagcttacccattggcgttctttgttctcctctctgtcatgcagGAGAATCTAATTCGTGATGATAACAAACTTATTTTGCTGGCTTCTCTTAGTGATTCATTGGAGTATGTTGCAGACTCAATTGAAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttattctagtaagaatttttcattcggtgaagataattaagttgttttcttacagGATAATCTAATTCGTGATGACAACAAACTGATTTTGTTAGCTTCTCTCAGTGACTCGCTTGAATACGTGGCAGACTCTATTGAGAG
                                         ttgttttctt  CT-rich tract
                                ataattaagttgtttt  TA-rich tract