Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgagcatacatcatcttattgtctcttgcattatactgccaattaatttaatcatcatgggaattactaattcgtgtaactctttattgtattttctcagATCTGTGAACTATGCTACTTTGGTCACAGCCAGACTAATCATAGTGGCATCACATATG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G49040.2
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116437573|gb|EG480165.1|EG480165
EST:     ATTTTGGGAAGGTTACTTCGAGTATCTCATGGAGCAGCCTGCAAATGA                         ATCTGTGAACTATGCTACTTTGGTCACAGCCAGACTAATCATAGTGGCATC
genomic: ATTTTGGGAAGGTTACTTCGAGTATCTCATGGAGCAGCCTGCAAATGAgtgagtcttc ... attttctcagATCTGTGAACTATGCTACTTTGGTCACAGCCAGACTAATCATAGTGGCATC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atttaatcatcatgggaattactaattcgtgtaactctttattgtattttctcagATCTGTGAACTATGCTACTTTGGTCACAGCCAGACTAATCATAGTGGCATCACATATG
                                            tattttctc  CT-rich tract
                                   tctttattgtatttt  TA-rich tract