Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatgttcacaactcttgccaccaagtctttcagatgtttgcaagttgattgaatatgggtgttgagtaatggtatctatgtcttacacatgcttttgggatttgggtagGCGATGGGTCGGTCCGGATATGGAAAAACTATGCAACTAAGGGTAAACAAAAGCTTGTTACTGGGTTTTCTTCAATCCAGGGTCACAAGCCCGGTGCCCG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G08850.1
intron # 18
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116406444|gb|EG449036.1|EG449036
EST:     GCTCTGCCTCATCAATGAACTTGACGACTCTCTGCTACTTGTTGCATCAT                         GCGATGGGTCGGTCCGGATATGGAAAAACTATGCAACTAAGGGTAAACAAA
genomic: GCTCTGCCTCATCAATGAACTTGACGACTCTCTGCTACTTGTTGCATCATgtaatgttca ... atttgggtagGCGATGGGTCGGTCCGGATATGGAAAAACTATGCAACTAAGGGTAAACAAA
EST: gi|125163156|gb|EL189926.1|EL189926
EST:     CGACTCTCTGACTACTTGTTGCATCAT                         GCGATGGGTCGGTCCGGATATGGAAAAACTATGCAACTAAGGGTAAACAAA
genomic: CGACTCTCTG-CTACTTGTTGCATCATgtaatgttca ... atttgggtagGCGATGGGTCGGTCCGGATATGGAAAAACTATGCAACTAAGGGTAAACAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgggtgttgagtaatggtatctatgtcttacacatgcttttgggatttgggtagGCGATGGGTCGGTCCGGATATGGAAAAACTATGCAACTAAGGGTAAACAAAAGCTTGTTACTGGGTTTTCTTCAATCCAGGGTCACAAGCCCGGTGCCCG
                         gtcttac  putative branch site (score: 3)
                  tatctat  TA-rich tract