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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatcagaaattccaccttgtaaataatttcattcaattttgtggttccgaactatttctcccaattagattgttggttagatgatcaaagaaaccgtttttagtattgcttgaggctatgctaacattattatatcattttcatagATTTGCAGCACTTGCTACTCGTATGGAACAATACATACAAGGGCAATCTAGAGATTTGGTTGATCAGGCATACACAAAATTT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G47550.2
intron # 18
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G47550.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 18
lower sequence: Vv18s0001g11700.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 18
gtaatcagaaattccaccttgtaaataatttcattcaattttgtggttccgaactatttctcccaattagattgttggttagatgatcaaagaaaccgtttttagtattgcttgaggctatgctaacattattatatcattttcatagATTTGCAGCACTTGCTACTCGTATGGAACAATACATACAAGGGCAATCTAGAGATTTGGTTGATCAGGCATACACAAAATTT
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----------------------------------gaaaaattataattcc---ttatttcatttaat---attgcct-tcatatgtataatgcttctgttcttggtcttacatcatgcca-------aatgttatccattctacatagATTTGCAACTCTTGCAACCCGTATGGAGCAGTACATCCAGGGACAATCTAGAGATTTGGTTGATCAGGCATACACAAAATTT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaccgtttttagtattgcttgaggctatgctaacattattatatcattttcatagATTTGCAGCACTTGCTACTCGTATGGAACAATACATACAAGGGCAATCTAGAGATTTGGTTGATCAGGCATACACAAAATTT
                           tgctaac  putative branch site (score: 1)
                                           tcattttc  putative PPT
                              taacattattatatca  TA-rich tract