Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttggtctctcaactttatcgatgtgctttgttgatagatctattgttccaaactcccatgcattcttatgcttttgtcgttgttggctttttcatggagtagATATGGATGCCTACTGCTGGACACAAGAATCTCCCAGGATCCACTTAGCACATCAAAAGCTATTTTGAAACAATGCAATCTTCCTCCTGAAATGTATCAA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G27370.1
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86059103|gb|DR354860.1|DR354860
EST:     CAAGATCAGGATATTCCTACGCGGTTGACACACCAGGAGCTTGCAGTAAG                         ATATGGATGCCTACTGCTGGACACAAGAATCTCCCAGGATCCACTTAGCAC
genomic: CAAGATCAGGATAT-CCTACGCGGTTGACACACCAGGAGCTTGCAGTAAGgtttggtctc ... catggagtagATATGGATGCCTACTGCTGGACACAAGAATCTCCCAGGATCCACTTAGCAC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccaaactcccatgcattcttatgcttttgtcgttgttggctttttcatggagtagATATGGATGCCTACTGCTGGACACAAGAATCTCCCAGGATCCACTTAGCACATCAAAAGCTATTTTGAAACAATGCAATCTTCCTCCTGAAATGTATCAA
                                       ctttttcat  CT-rich tract
              attcttat  TA-rich tract