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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacacttgtgtgtttgattttctgatcatttcaacagtttatccctcatcatcttggcattttttgcagGGCTTAATGACTCCAATTATCAAGAATGCAGACCAGAAATCTATTTCTGCTATTTCCTTAGAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G52200.1
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124841036|gb|EH925475.1|EH925475
EST:     TCGTTATGTGTGACAGTGTTGACATATCAGTTGCAGTTGCAACTGAGAAG                         GGCTTAATGACTCCAATTATCAAGAATGCAGAC
genomic: TCGTTATGTGTGACAGTGTTGACATATCAATTGCAGTTGCAACTGAGAAGgtacacttgt ... ttttttgcagGGCTTAATGACTCCAATTATCAAGAATGCAGAC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgattttctgatcatttcaacagtttatccctcatcatcttggcattttttgcagGGCTTAATGACTCCAATTATCAAGAATGCAGACCAGAAATCTATTTCTGCTATTTCCTTAGAG
     ttctgat  putative branch site (score: 3)
                                           catttttt  putative PPT
                                            atttttt  TA-rich tract