Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ggatatgttctgttagagatattgcccccctaccaataggtttttcactgttttgtgtgtatctcttttagtttgatctgaaaatgtttttaatattcagTGTTGCTCATTTCTTGGAATCTCGGGGAATGATTGAAGATGCTTTAGAAATTGCGACAGATCCAGACTACAAATTTGATCTGGCCATACAACTGGGTAGA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G15980.1
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164208735|gb|ES100258.1|ES100258
EST:     TCAAATTTTACCTACAATTCCTAAAGAGCAGCATAACAA                         TGTTGCTCATTTCTTGGAATCTCGGGGAATGATTGAAGATGCTTTAGAAAT
genomic: TCAAATTTTACCTACAATTCCTAAAGAGCAGCATAACAAgtatgttata ... taatattcagTGTTGCTCATTTCTTGGAATCTCGGGGAATGATTGAAGATGCTTTAGAAAT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cactgttttgtgtgtatctcttttagtttgatctgaaaatgtttttaatattcagTGTTGCTCATTTCTTGGAATCTCGGGGAATGATTGAAGATGCTTTAGAAATTGCGACAGATCCAGACTACAAATTTGATCTGGCCATACAACTGGGTAGA
                                          ttttaat  putative branch site (score: 3)
                                       tgttttt  CT-rich tract
                              atctgaaaatgttttt  TA-rich tract