Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttgttcttgggcttctgttgaagcttttattttaaaattgtttttagctcaagtctctgattgtgtgggtgtatgcagGCATTTTCTGTCATTGCCACTTCTCCGCTTCACATTAATCTATCATGTGTCTTGGACCATTTGATTGCAGAACTAACAGGATTCTTACGGAAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G02560.2
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT2G02560.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 17
lower sequence: Vv12s0035g01840.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 18
-------------------gttgttcttgggcttctgttgaagcttttattttaaaattgtttttagctcaagtct--ctgattgtgtgg-gtgtatgcagGCATTTTCTGTCATTGCCACTTCTCCGCTTCACATTAATCTATCATGTGTCTTGGACCATTTGATTGCAGAACTAACAGGATTCTTACGGAAG
                        |    |      |   | || |||  | ||   |  | | | | |  | |||  | |||| ||     ||| | ||||||||| |||| ||||| |||||||| ||| ||||  || |||||||||||||||| ||| | ||||||||  | || |  |||||  |||||
ggctgcatatgcattcataagaaatgaaagaaggtagagcaggcatttgatatatggtaatatat-gttggaatcttacagattttgaattatgtgtccagGCATTTGCTGTTATTGCTACTTCTCCACTTAACATAGATTTATCATGTGTCTTGGAGCATGTTATTGCAGAGTTGACTGCCTTCTTGAGGAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttttattttaaaattgtttttagctcaagtctctgattgtgtgggtgtatgcagGCATTTTCTGTCATTGCCACTTCTCCGCTTCACATTAATCTATCATGTGTCTTGGACCATTTGATTGCAGAACTAACAGGATTCTTACGGAAG
                               ctctgat  putative branch site (score: 4)
     attttaaaattgtttt  TA-rich tract