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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaatattacttctactttttcattacgtggtctatcctgtcttcctaaacaatatctaacttcaacaatttacttttctctacccaccctttagCTACTCTGAAGTTGAATACTTCAAGCAAACGTTGCGACAAGGTGCTCCAGCTAAACCTAAAGAGCCTAGAATTCCACGCATGCCCCAATT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G18620.1
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G18620.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 16
lower sequence: Vv05s0020g01780.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 16
gtaaatattacttctactttttcattacgtggtcta-tcctgtcttcctaaacaatatctaacttcaaca-atttacttttctctacccaccctttagCTACTCTGAAGTTGAATACTTCAAGCAAACGTTGCGACAAGGTGCTCCAGCTAAACCTAAAGAGCCTAGAATTCCACGCATGCCCCAATT
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gtaattgtgaattttcagttgccaacttatgttataattttatgtttttcattatcatttaa----gacatgtttccattttcttgtcctttaagtagTTACTCAGAGTCTGAATACTTTAAGCAAACAATGCGGCAAGGTGCTCCAGCAAAACAAAGAGAGCCTAGAATACCGCGCATGCCCCAGCT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcttcctaaacaatatctaacttcaacaatttacttttctctacccaccctttagCTACTCTGAAGTTGAATACTTCAAGCAAACGTTGCGACAAGGTGCTCCAGCTAAACCTAAAGAGCCTAGAATTCCACGCATGCCCCAATT
              atctaac  putative branch site (score: 2)
                             tttacttttctctacc  putative PPT
      taaacaatatctaa  TA-rich tract