Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgaaagtcattactttaataaattgtacctttttagttaatccgttggacatcttgtcactttcttcaacgattgtacaacattccctgatcaattttgttttacctgaattgtttaaatctctattcagTTTTAACGACCGTATACGAGATGCAACTCTTGGTGGATCTCCATTTGGTCATCCTCTTCAACAAGGATTCATTACAGGTTTATTGTTACAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G04360.1
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G04360.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 16
lower sequence: Vv13s0019g05160.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 16
gtttgaaagtcattactttaataaattgtacctttttagttaatccgttggacatcttgtcactttcttcaacgattgtacaacattccctgatcaattttgttttacctgaattgtttaaatctctattcagTTTTAACGACCGTATACGAGATGCAACTCTTGGTGGATCTCCATTTGGTCATCCTCTTCAACAAGGATTCATTACAGGTTTATTGTTACAG
            ||   || ||||  || | | | ||  || ||            ||   | ||  ||||    | | |        | |||| || |||||| |   |      || |||     |||||| ||||| || || || ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  | || ||| |||| ||||||
------------ttgtcttgataa-ctgaatcatatttcttgat-----------tttaaaatttcattcactattcgcatggagg--cttgat-aactttgttattatt------ttgaaactctcattcagCTTTAATGATCGAATTCGAGATGCAATGCTTGGTGGATCTCCATTTGGCCATCCTCTTCAACAAGGTTTTGTAACGGGTCTATTTTTACAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tacaacattccctgatcaattttgttttacctgaattgtttaaatctctattcagTTTTAACGACCGTATACGAGATGCAACTCTTGGTGGATCTCCATTTGGTCATCCTCTTCAACAAGGATTCATTACAGGTTTATTGTTACAG
         ccctgat  putative branch site (score: 4)
                                            tctctattc  putative PPT
              atcaattttgtttta  TA-rich tract