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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttatttttatctgtgtatcttttgtcttgttctatatctatactagttacttgaactgtatcacaaccttcttttgtcatcgatcagCAATAAGCGGGCTCAGCAATATTCCGATTGCTAATTGGGATACAAAGTTTGAAACGGGAACAAAGACGGCCCTCCTTCACCCTTTTTCTCCTATTGTAGT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G01770.1
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164153372|gb|ES008809.1|ES008809
EST:     GCATATTGCAAAATGCCAGCATTCAT                         CAATAAGCGGGCTCAGCAATATTCCGATTGCTAATTGGGATACAAAGTTTG
genomic: GCATATTGCAAAATGCCAGCATTCATgtaagttatt ... catcgatcagCAATAAGCGGGCTCAGCAATATTCCGATTGCTAATTGGGATACAAAGTTTG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatatctatactagttacttgaactgtatcacaaccttcttttgtcatcgatcagCAATAAGCGGGCTCAGCAATATTCCGATTGCTAATTGGGATACAAAGTTTGAAACGGGAACAAAGACGGCCCTCCTTCACCCTTTTTCTCCTATTGTAGT
                                  ccttcttttgtcatc  CT-rich tract
      tatacta  TA-rich tract