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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacattggtgacatgcttagaggataagctattcacttttaaatgttccttgctaacattcctgatactcttccatagGTTGTTCAATATAGCGTGCTACCAAGCATGTTCAAGAGCTCGTACGAAACAATAACAGAGGGAAACCCCTTGTGGAATGAACTCTCTGCACCGAGTTCCA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G26970.1
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124963463|gb|EL037797.1|EL037797
EST:     AGCAATGAGGAAGTTGCTCAG                         GTTGTTCAATATAGCGTGCTACCAAGCATGTTCAAGAGCTCGTACGAAACA
genomic: AGCAATGAGGAAGTTGCTCAGgtacattggt ... tcttccatagGTTGTTCAATATAGCGTGCTACCAAGCATGTTCAAGAGCTCGTACGAAACA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ataagctattcacttttaaatgttccttgctaacattcctgatactcttccatagGTTGTTCAATATAGCGTGCTACCAAGCATGTTCAAGAGCTCGTACGAAACAATAACAGAGGGAAACCCCTTGTGGAATGAACTCTCTGCACCGAGTTCCA
                                          tactcttcc  CT-rich tract
      tattcacttttaaat  TA-rich tract