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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggcagtttatctcatatgtctgcatcttctatttgtttgttagcttgtgaaaagtcttccagattggattttgttgtcttgagattaatttaagtgttcgtttgttggaattttgctagACTAATTGATGAAGGAAAACTAATGGATGCTTTAGCACTTTCGGACCGCTTCTTGCGGAATGGGGCTTCTGATTGGTTACTTCAGCTCCTAATCAAAAGT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G25730.2
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT2G25730.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 16
lower sequence: Vv04s0008g04520.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 17
gtatggcagtttatctcatatgtctgcatcttctatttgtttgttagcttgtgaaaagtcttccagattggatt--ttgttgtcttgagattaatttaagtgttcgtttgttggaattttgctagACTAATTGATGAAGGAAAACTAATGGATGCTTTAGCACTTTCGGACCGCTTCTTGCGGAATGGGGCTTCTGATTGGTTACTTCAGCTCCTAATCAAAAGT
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-------------------------tcagttcaaattaactctaccactaacaaatagtaatttcaatgcacctgacagtggaagtgagattctattaacttatcctgttattgtcctatcatagATTAATTGATGAAGGAAACTTGATGGATGCTCTTGCTCTTTCGGATCGCTTTCTGCGCAATGGAGCCTCAGATCGGTTACTTCAGCTACTCATTGAACGT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggattttgttgtcttgagattaatttaagtgttcgtttgttggaattttgctagACTAATTGATGAAGGAAAACTAATGGATGCTTTAGCACTTTCGGACCGCTTCTTGCGGAATGGGGCTTCTGATTGGTTACTTCAGCTCCTAATCAAAAGT
                  gattaat  putative branch site (score: 3)
                                              ttttgct  putative PPT
              ttgagattaatttaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtatggcagtttatctcatatgtctgcatcttctatttgtttgttagcttgtgaaaagtcttccagattggattttgttgtcttgagattaatttaagtgttcgtttgttggaattttgctagACTAATTGATGAAGGAAAACTAATGGATGCTTTAGCACTTTCGGACCGCTTCTTGCGGAATGGGGCTTCTGATTGGTTACTTCAGCTCCTAATCAAAAGT

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