Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...acctgagcaactaaattccgtcagagcttttgatttcattgcattgttttcctcatatcacattgttctaccattaacatatctatattatccactgcagGCCCAAGGCTCTATGGAACGCGATGATGAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G30470.2
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164065874|gb|ES116146.1|ES116146
EST:     TTTACAGCAATGATGACATGGATGAG                         GCCCAAGGCTCTATGGAACGCGATGATGAG
genomic: TTTACAGCAATGATGACATGGATGAGgtgatgttct ... tccactgcagGCCCAAGGCTCTATGGAACGCGATGATGAG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttttcctcatatcacattgttctaccattaacatatctatattatccactgcagGCCCAAGGCTCTATGGAACGCGATGATGAG
                          cattaac  putative branch site (score: 2)
                           attaacatatctatat  TA-rich tract